오는 2010년 1월1일 이후 개시하는 사업연도분부터 법인세에 연결납세제도(consolidated tax return)가 도입된다. 모(母)회사와 100% 지분을 보유한 자(子)회사(우리사주 스톡옵션 합쳐 5% 예외 인정)를 경제적 동일체로 보고 이익과 손실을 합산해 하나의 과세 단위로 법인세를 매기는 제도다.

연결납세제도를 도입하기로 결정한 것은 기업의 조직 형태(한 법인 내 사업부로 두든지,아니면 자회사 분리하든지)에 관계없이 법인세 부담이 똑같도록 해서 각 기업이 경영 환경에 탄력적으로 대응할 수 있게 하자는 취지다. 사업부를 운용 중이거나 신규 사업을 하는 기업은 각각 득실을 따져 미리 연결집단 구성 여부를 결정할 필요가 있다.

만약 연결 모법인이 연결납세를 신청하면 100% 자회사는 모두 연결집단으로 묶인다. 특정 자회사만 골라서 연결하는 것은 불가능하다. 한 번 선택하면 5년간 계속 적용된다.

연결집단의 과세 표준을 계산할 때는 각 사업연도의 소득금액을 한꺼번에 계산해 내야 한다. 이때 집단 내부법인 간의 거래에서 발생한 손익은 제거한다.

양도소득에 대한 법인세와 각종 비과세 공제 등 조세특례는 각각의 법인별로 요건을 따져 적용해 연결법인세액에 더하거나 뺀다. 기존에 중소기업에 대한 특례를 받고 있는 기업이라면 자회사와 연결한 뒤에는 집단 전체의 규모와 종업원 수를 따져 중소기업 여부를 판단한다는 점에 유의해야 한다.