삼성SRA 코람코 이지스 등 국내 주요 자산운용사들이 운용하는 부동산펀드가 최대 1000억원이 넘는 ‘세금 폭탄’을 맞을 위기에 놓였다.

안전행정부가 작년 10월 ‘금융위원회에 등록된 펀드가 매입한 부동산만 취득세 감면 대상’이라는 지침을 내놓은 게 시발점이다. 대구광역시 경기도 등 일부 지방자치단체는 감면해준 취득세 환수 절차에 들어갔으며, 다른 지자체도 적극적인 움직임을 보이고 있다.

자산운용사들은 “그동안 ‘부동산 취득 직후 펀드를 등록해도 문제없다’는 금융위의 유권해석을 따랐을 뿐”이라며 반발하고 있다.

[한경 기업 신문고 - 이런 규제 없애라] '부동산펀드 취득세' 정부내 엇박자

○전국 동시다발 추징 조짐

16일 자산운용업계에 따르면 대구시는 17일부터 삼성SRA 등 3개 자산운용사에 세무조사를 하겠다고 이달 초 통보했다. 이들이 운용하는 부동산펀드의 부동산 매입 시점이 금융위에 등록한 때보다 빠를 경우 감면해준 세금을 환수하기 위해서다.

경기도 역시 리치먼드자산운용이 사들인 안성 소재 ‘골프클럽Q햄튼’ 부지에 대해 최근 취득세 감면분 납부 명령을 내렸고, 서울 관악구는 A운용사가 매입한 쇼핑몰에 대해 세금 감면 취소 여부를 검토하고 있다. 부동산펀드에 대한 취득세 감면분 환수 움직임이 전국으로 확대되고 있는 셈이다.

취득세는 중앙정부가 아닌 지자체의 몫으로 배정된 대표적인 지방세다. 지자체는 상업용 부동산을 매입한 개인 또는 법인에 취득금액의 4.6%(교육세, 농어촌특별세 포함)를 세금으로 걷는다. 다만 자본시장법에서 인정하는 펀드가 매입한 부동산에 대해선 조세제한특례법에 따라 2004년부터 30% 감면혜택을 주고 있다.

덕분에 이지스는 작년 7월 598억원에 매입한 대구 호수빌딩에 대해 8억여원의 세금을 감면받았다. 지난해 홈플러스 대구칠곡점(매입 추정액 1500억원)과 호텔인터불고대구(600억원)를 각각 사들인 삼성SRA와 코람코도 20억원과 8억여원을 면제받았다.

○안행부 “추징해야”, 금융위 “문제없다”

부동산펀드에 대한 취득세 감면에 큰 혼란이 생긴 건 법 규정에 대한 안행부와 금융위의 상반된 해석 때문이다. 금융위는 2004년 부동산펀드에 관한 법률이 제정될 때부터 지금까지 “‘금융위 등록이 먼저냐, 부동산 취득이 먼저냐’는 중요한 문제가 아니다”란 입장을 보였다. ‘선 등록-후 취득’은 행정적인 문제일 뿐 세금감면 여부를 가르는 잣대가 아니란 이유에서다.

금융위는 2011년 ‘펀드 등록을 안한 상태에서 부동산을 취득해도 감면대상이냐’는 업계의 질의에 “펀드 등록 여부는 (해당 부동산이) 펀드 재산으로 인정받는 데 영향을 미치지 않는다”고 답했고, 이후 서울시는 금융위의 유권해석을 토대로 ‘감면대상’이란 의견을 서대문구청에 보냈다.

그러나 안행부가 작년 10월 경기도의 똑같은 질의에 “아니다”란 해석을 내리면서 문제가 복잡해졌다. 취득세 감면혜택을 받으려면 ‘취득 당시 금융위에 등록돼 있어야 한다’고 해석한 것이다.

금융위와 안행부의 엇갈린 해석으로 자산운용사는 생사의 갈림길에 서게 됐다. 현재 국내에 설정된 부동산펀드 규모는 511개 펀드, 24조7471억원. 이 중 취득세 감면 취소 가능성이 있는 곳은 국내 부동산을 매입한 398개 사모펀드다. 이들 펀드의 총 설정액은 18조5448억원으로 감면받은 세금은 5000여억원에 달한다.

업계 관계자는 “현재 금융투자협회를 중심으로 부동산 펀드의 자산매입 실태조사를 벌이고 있다”며 “상당수 펀드들이 ‘선취득-후등록’한 만큼 자칫 자산운용사가 물어내야 할 세금이 수천억원에 달할 수도 있다”고 우려했다.

■ 부동산펀드

Real Estate Fund. 투자자들로부터 자금을 모집해 오피스·주택 등 부동산 및 부동산 관련 자산에 50% 넘게 투자하는 펀드다. 운용기간 동안 나오는 임대료와 매각자금을 투자자들에게 배당한다. 2004년 도입돼 현재 24조원 규모로 성장했다.

서기열/강경민/윤아영 기자 philos@hankyung.com