국세청보다 세무조사 4~5배 많이 하는 서울시

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서울시, 올 2만4500곳 대상…시 전체 법인의 25% 해당
국세청은 1% 안팎 불과…조세심판 패소율은 급증

타지자체 기업부담 낮추는데…서울시 "적법절차 따른 것"

서울시와 산하 25개 자치구들이 올해 세무조사 대상으로 삼은 법인이 2만4536개에 달하는 것으로 나타났다. 이는 국세청의 세무조사 대상 법인 수보다 4~5배가량 많은 것이다. 지방자치단체는 자체 징수 권한이 있는 취득세, 등록면허세 등에 대해 세무조사를 할 수 있다. 서울시 세무조사 건수는 국세청은 물론 다른 지자체보다도 월등히 많아 서울시 기업들의 세무조사 부담이 유독 크다는 지적이 나온다.

◆지난해 1586억원 추징

2일 서울시와 국세청에 따르면 서울시는 올해 60개 기업, 25개 서울의 자치구들은 2만4476개 기업을 세무조사 대상으로 삼았다. 서울시 전체 법인(9만7895개)의 25% 규모다. 자치구별로 보면 강남구청이 4831개로 가장 많다. 다음은 서초구청(3470개), 영등포구청(2028개), 중구청(1476개), 종로구청(1411개) 순이다.

서울시 관계자는 “기업 세무조사 대상을 전체의 25% 수준으로 잡고 있지만 각종 조사 면제 혜택을 받는 기업 등을 감안하면 실제 조사 법인 수는 전체의 10% 규모”라고 설명했다. 서울시청과 자치구는 2013년 전체 법인(10만5992개)의 10.8%인 1만1442개 기업을 세무조사했다. 지난해에도 비슷한 규모로 세무조사를 실시해 25개 자치구는 1586억6100만원의 세금을 추징했다.

◆조사 건수 국세청보다 많아

법인세 등 국세를 징수하는 국세청이 매년 세무조사를 벌이는 기업은 전체의 1% 안팎이다. 100개 기업 중 한 개꼴로 매년 돌아가며 세무조사를 하고 있다. 2014년에는 전체 등록 법인(57만6138개)의 0.9% 수준인 5443개 기업을 세무조사했다. 이에 비해 서울시와 산하 자치구들은 100개 기업 중 25개꼴로 세무조사를 하고 있다.

다른 지자체와 비교해도 월등히 많다. 경기도와 경기의 시·군·구청들은 지역 내 전체 법인의 3.6% 수준인 6703개 기업을 올해 세무조사할 계획이다. 부산시와 산하 자치구는 지역 기업의 3.5% 정도인 1070개 기업을 세무조사 대상에 올렸다.

부산시청 관계자는 “대부분의 지자체들은 지역 기업의 부담을 덜어주자는 취지로 세무조사를 적극적으로 하지 않는다”며 “세무조사 인력이 많지 않다는 현실적인 이유도 있다”고 말했다.

◆서울시 “적법절차에 따른 조사”

서울시는 합법적인 세정 업무라고 주장한다. 지방세기본법에 ‘최근 4년 이상 지방세와 관련한 세무조사를 받지 않은 납세자는 업종, 규모를 고려해 신고 내용이 적절한지 검증받을 수 있다’고 명시된 부분을 근거로 든다.

지방세 납부 대상 기업에 대해선 적어도 4년마다 세무조사를 할 수 있기 때문에 매년 전체 법인의 25%를 세무조사 대상으로 삼고 있다는 얘기다.

서울시 관계자는 “지방세를 부과할 수 있는 기간(제척기간)이 5년이라 최소 4년 주기로 세무조사해야 과세를 놓친 부분도 바로잡을 수 있어 공평과세 차원에서도 매년 25% 정도 과세 대상에 올리는 것이 적절하다”고 말했다.

하지만 서울시와 자치구들의 세무조사가 과도하다는 불만도 제기된다. 서울시 기업 관계자는 “서울시와 자치구들이 공정한 방법으로 세무조사 대상을 정하고 기업에 과도한 요구를 하지 않는다고 하지만 조사 횟수가 다른 지역보다 많아 아무래도 부담이 될 수밖에 없다”고 토로했다.

조세 불복도 늘어나고 있다. 서울 지역의 지방세 과세에 불복한 납세자들이 조세심판원에 심판을 청구해 세금을 돌려받은 비율(인용률)은 2009년 10.2%에서 2014년 24.5%로 급증했다. 전국 평균치(2014년 16.7%)보다 높다. 조세심판원 관계자는 “2014년 서울시가 차량 리스운용사에 취득세를 잘못 과세해 500억원 이상 돌려주는 등 환급세액 규모도 늘어나는 추세”라고 말했다.

김주완 기자 kjwan@hankyung.com