정부 방침에 따라 구조조정을 단행한 기업들이 관련법규 미비로 인해 8백억원에 이르는 세금을 부당하게 추징당한 것으로 드러났다.

또 구조조정 차원에서 자산을 재평가한 기업이 오히려 세제상 불이익을 당하는 등 정부의 구조조정 추진작업이 일관성을 상실했던 것으로 지적됐다.

감사원은 지난해 9~10월중 남대문세무서 등 7개 세무서에 대한 감사결과 재정경제부가 "조세감면 규제법" 적용시기를 잘못 규정, 7개법인이 7백96억여원의 부가세를 감면받지 못했다고 11일 발표했다.

정부는 기업의 구조조정을 지원하기 위해 지난 98년2월 "조세감면 규제법"을 개정, 사업용 부동산 매각대금으로 금융기관의 부채를 상환할 경우 법인세특별부가세를 감면해 주도록 했다.

그러나 재경부는 개정 법률 시행뒤 "즉시" 적용하겠다던 당초의 정부방침과는 달리 "98년2월24일 이후 최초 개시되는 사업연도부터" 적용하도록 적용시기를 늦췄다.

이로인해 사업연도가 98년1월1일부터 개시된 7개 법인들은 사업용부동산을 양도해 금융기관의 부채를 상환하고도 법인세특별부가세를 감면받지 못하는 불이익을 당했다고 감사원은 밝혔다.

감사원은 또 재경부가 자산재평가 법인의 부채비율을 계산하면서 자기자본에서 재평가적립금이 아닌 재평가차액을 공제토록 관련 규정을 잘못 개정했다고 지적했다.

이로인해 구조조정을 위해 자산을 재평가한 법인이 2억여원을 추징당하는 등 세제상 불이익을 받은 것으로 나타났다.

감사원은 이외에도 재경부가 합병대가를 주식이 아닌 현금 등으로 받은 경우에 증여세를 과세할 수 없도록 한 규정을 개정안해 31억원의 증여세를 과세하지 못했다고 지적했다.

재경부는 또 관련 법령을 제때에 정비하지 않아, 특수관계에 있는 법인이 합병하면서 합병등기일 직전에 상호를 서로 바꾸는 수법을 동원해 22억원의 법인세를 회피하도록 방치했다며 시정통보했다.

김병일 기자 kbi@ked.co.kr