금융감독원이 주가조작 혐의로 검찰에 수사를 의뢰한 대상이 무혐의 처분을 받고 주가조작 혐의로 검찰에 통보된 기업들이 반발하면서 금감원이 곤혹스러워 하고 있다. 29일 금감원에 따르면 코스닥 등록기업 D사의 A&D(인수·개발) 과정에서 시세조종으로 3백억원대의 부당이득을 챙겼다는 혐의로 지난 4월 검찰에 수사를 의뢰한 대기업 회장 등 37명이 이날 모두 무혐의 처분을 받았다. 금감원은 당시 벤처인큐베이션 업체 C사의 대주주 윤모씨는 D사의 주식과 맞교환(스와프)하는 과정에서 미국 마이크로소프트사까지 끌어 들여 C사의 가치를 지나치게 높이는 방법으로 막대한 시세차익을 올린 혐의가 있다고 밝혔다. 그러나 검찰은 마이크로소프트사에 대한 서면조사를 결과로 무혐의 결정을 내린 것으로 알려져 금감원의 조사역량이 도마에 오르게 됐다. 또 금감원이 전날 시세조종 혐의로 검찰에 고발한 코스닥 등록기업 가운데 모디아와 에이디칩스 등이 보도자료를 통해 공식 반발하고 나서 논란이 예상된다. 에이디칩스는 주가를 올리기 위해 자사가 보유한 반도체 설계기술을 과장했다는 금감원의 발표에 대해 미국의 PwC로부터 정당하게 평가받았다고 반박했다. 양준영 기자 tetrius@hankyung.com