'세계적인 대학원을 키워 대학의 연구력을 획기적으로 증진하고 지역산업 수요와 연계해 지역대학을 특성화함으로써 우수한 고등인력을 양성한다.' 정부가 1999년부터 두뇌한국(BK)21 사업을 시작하면서 내놓은 사업 목적이다. BK21 사업은 '연구중심대학' 육성을 위한 것이다. 앞으로 7년간 1조4천억원을 투입하는 한국 최대의 고등교육사업이다. 이러한 대규모 투자로 인해 이 사업이 나름대로의 성과를 올리고 있는 것으로 평가받고 있다. 그러나 해가 거듭되면서 여러가지 문제점도 나타나고 있다. 우선 사업준비 기간이 짧아 객관적인 선정기준과 평가체제를 갖추지 못하고 있다는 지적을 받고 있다. 선정된 사업단에서 국.공립대가 60% 이상을 차지, 사립대가 홀대받고 있다. 국.공립대 가운데 특정 대학의 편중현상도 심각하다. 서울대는 과학기술분야 12개, 인문.사회분야 3개, 핵심분야 20개 사업단이 선정됐고 대학원 전용 시설비를 모두 차지해 전체사업비의 45% 정도를 지원받고 있다. 중점추진 분야인 과학기술분야 26개 사업단중 서울대(12개) 한국과학기술원(6개) 포항공대(3개) 등 3개 대학이 전체 사업단의 81%를 차지했다. 정부 부처간 연계 부족도 문제점으로 꼽힌다. 교육인적자원부 단독 사업으로 추진되면서 부족한 인프라와 연구비 등 대학 연구의 취약점을 개선하지 못하고 있다는 것이다. 연구중심대학을 지향하면서 실제로는 기본 전제인 교육과 연구간결합을 촉진하지 못했다는 지적이다. 그러나 성과가 없는 것은 물론 아니다. 과학기술분야의 경쟁력이 높아지면서 국제학술지에 수록되는 논문이 크게 늘어나고 있다. 국내에서 박사학위를 딴 젊은 연구자들이 선진국의 대학이나 연구소로 진출, 뛰어난 연구성과를 올리게 하는 데도 큰 보탬이 되고 있다.