국내 기업들의 연구개발을 위한 조세지원제도중 기업의 만족도가 가장 높은 제도로 평가되는 것이 연구·인력개발비 세액공제제도다. 현행 조세특례제한법 제10조에는 해당 과세연도에 투자한 연구.인력개발비가 과거 4년간 평균 연구.인력개발비보다 많을 경우 초과금액에 대해 50%를 소득세나 법인세에서 공제하도록 돼있다. 조세특례제한법 제11조에는 기업의 설비투자를 확대하기 위해 올부터 시설투자금액의 10%를 법인세에서 공제해주게 돼있다. 산업계는 이들 제도의 세액공제율을 높일 경우 기업의 R&D투자 활성화 효과가 클 것으로 기대하고 있다. 그러나 이 제도를 활용하는 기업은 전체의 28.6%에 불과하다. 좋은 제도를 만들어 놓고도 활용하지 못하는 꼴이 되고만 셈이다. 그 원인으로는 무엇보다도 이용하고 싶어도 그럴 수 없는 제도적인 제약을 꼽을 수 있다. 그 제약이란 바로 최저한세 제도. 지난 1991년에 마련된 이 제도는 아무리 연구개발을 많이 하더라도 중소기업은 최저 12% 이상, 대기업은15% 이상의 법인세를 납부하도록 한 제도다. 산기협의 장영주 조사역은 "이 제도에 따르면 연구개발투자를 많이 한 기업일수록 오히려 혜택을 덜 받는 모순이 생긴다"며 "특히 중소기업들은 연구개발투자를 늘려 조세특례를 받으려 해도 최저한세에 묶여 세액공제를 받기가 어렵다"고 지적했다. 그는 "최저한세의 적용을 현재의 12%에서 10%로 낮춰야 한다"고 주장했다.