최근 정부는 국민연금기금을 운용할 기금운용위원회의 상설화 방안을 입법예고한 바 있다. 그런데 기금운용위원회의 전문성·독립성 강화를 골자로 한 상설화 자체에 대한 논의보다는 위원회의 소속 문제가 주요 논란거리로 대두되고 있다. 경제부처는 1백조원이 넘는 국민연금기금은 국민경제 전체를 염두에 두고 운용해야 한다며 효율성 측면에서 위원회를 총리실 산하에 둬야 한다는 주장이다. 그러나 이는 다음과 같은 이유에서 이번 입법안의 취지에 부합되지 않는다. 첫째 기금운용위원회의 독립성 강화는 여유자금 투자계획 수립에 대한 외부로부터의 부적절한 정치적·정책적 간섭위험을 배제하는 데 목적이 있다. 기금이 정책수단으로 운영된다는 오해를 받지 않아야 하며,특히 단기적 경기부양이나 증시부양 수단으로 사용돼서는 안된다. 막대한 규모로 적립되는 여유자금은 금융시장을 교란·왜곡시키지 않도록 시장 중립적이면서 경제성장에 기여하는 방향으로 운영돼야 한다. 기금운영은 전적으로 위원회에서 가입자들의 이익을 위해 결정되기 때문에 위원회의 소속 부처와는 상관이 없다. 둘째 특정분야에 의무적으로 투자하는 경우에는 투자성과에 부정적 영향을 미친다. 이런 맥락에서 일부 선진국들은 최근 마련한 연금기금제도 개혁방안에 사회 경제 프로젝트에 투자하라는 압력,주식시장 부양이나 특정기업 지원 목적의 잠재적 간섭 위험 등을 줄이기 위한 안전장치를 포함시키고 있다. 셋째 1993년 공공자금관리기금법에 의해 정부에 의무예탁되던 국민연금기금이 공공부문 투자비중 과다와 낮은 예탁금리로 인해 98년12월말 폐지된 경험은 좋은 실례가 될 것이다. 기금운용위원회가 경제부처가 아닌 국무총리실로 이관된다고 하더라도 경제부처의 입김이 많이 작용 할 수 있다. 넷째 국민연금기금은 장래 연금급여에 대한 책임준비금이고 보건복지부가 국민연금가입자에 대해 연금지급 책임을 지게 되므로 연금제도와 기금운용은 불가분의 관계다. 기금운용위원회가 총리실 산하로 이관될 경우 국민연금업무의 소관부처가 보건복지부이기 때문에 제도관리를 맡고 있는 부처와 책임소재 등에서 논란이 야기될 가능성도 있다.