통합신당의 출범으로 전통적인 당정협의 채널에 변화가 불가피해졌다. 노무현 대통령이 민주당적을 유지한다면 일단 잔류 민주당이 '공식 여당'을 유지하겠지만 노 대통령이 탈당,무당적을 유지할 경우 행정부로선 민주당과 신당 중 어디를 여당으로 봐야할 지 애매해진다. 이 경우 원내 제1당인 한나라당이 사실상 행정부의 정책협의 대상으로 부상할 가능성이 크다. 여당이 의석수 40∼50석의 '군소정당'으로 전락한 상황이어서 정부로서는 입법절차의 열쇠를 쥐고 있는 한나라당의 협조가 절대적이기 때문이다. 따라서 입법 준비단계부터 법안 제정에 이르기까지 정부의 대 입법부 활동에 근본적인 변화가 일어날 전망이다. 당정협의의 '당'이 뜻하는 것이 여당이 아니라 다수당이 될 수도 있다는 얘기다. 그러나 잔류 민주당과 통합신당은 호락호락 기득권을 내놓지 않을 태세다. 통합신당의 정책위의장을 맡은 정세균 의원은 "민주당은 물론 신당과도 정무협조와 정책조율을 위해 당정협의를 할 수 있을 것"이라고 주장했다. 이 경우 두 여당의 입장이 다를 경우 당정협의 과정에서 혼란이 예상된다.