연세우유는 전사적 위생관리시스템을 운영하기 위한 'OK-5운동'을 통해 직원들 개개인의 철저한 위생확보에 주력하고 있다. 지난 2001년 9월부터 진행한 'OK-5운동'은 청소·청결·위생의 생활화로 공장의 위생관리에 만전을 기하는 데 목적을 두고 있다. 주기적인 위생교육을 실시하고 이를 평가하는 제도도 도입했다. 특히 공장위생지침서와 HACCP(위해요소 중점 관리기준) 지침서를 제작,직원들에게 입사 때부터 반드시 숙지하도록 함으로써 품질 향상을 꾀하고 있다. 직원 개개인의 위생의식 고취를 목적으로 실시하는 품질보증제도,제품생산책임제,품질관리담당제 등도 운영 중이다. 유제품의 품질 향상을 위한 연구개발 활동도 연세우유의 품질을 높이는 데 기여하고 있다. 연세대 의과대학과 식품관련 학과 교수들로 이뤄진 '식품과학위원회'를 구성,자문과 검증을 통한 고품질 개발에 노력하고 있다. 최첨단 생명공학기술을 이용한 다양한 유제품을 선보이며 소비자의 건강에 기여토록 하고 있는 것. 연세우유는 또 제품생산 설비의 자동화로 무결점 제품 출고를 달성한다는 방침이다. 원료입고부터 출고까지 모든 제조공정을 자동화함으로써 위해요소를 원천차단토록 하고 있다. 모든 유통과정을 '콜드(cold) 체인 시스템'으로 구축,제품의 신선도를 유지토록 하고 있다.