항고심 결정에 대해 환경단체들은 "지난해 공사 중지가 결정된 이후 사회적 논의가 이어지고 본안 소송도 앞두고 있는 새만금 사업 해결에 혼란만 야기하는 결정"이라며 강력 반발하고 나섰다. 이들은 "향후 환경단체들간 상호연대를 통해 생태조사활동을 계속 벌여나가는 한편 총선에서 각 의원의 새만금에 대한 인식을 알려 유권자들의 판단을 도울 예정"이라고 밝혔다. 황호섭 환경운동연합 생태보전국장은 "새만금 갯벌과 수질 보전의 환경적ㆍ공익적 가치가 무엇보다 중요하다"며 "방조제 유실 우려만을 중시한 판결을 이해할 수 없다"고 말했다. 그러나 농림부와 전라북도측은 법원의 결정이 당연한 귀결이라는 입장이다. 농림부는 본안 소송의 증인신문에 철저히 대비하고 수질과 갯벌의 경제성에 대한 추가 자료를 제출키로 하는 등 승소를 이끌어내기 위해 총력을 기울이기로 했다. 농림부는 또 수질문제가 새만금 사업의 성패를 좌우할 수 있다고 판단, 환경기초시설과 측정시설을 설치하고 수질 모니터링도 대폭 강화하기로 했다. 농림부는 이와 함께 새만금 방조제와 주변을 '친환경 관광ㆍ체험ㆍ휴식 공간'으로 개발하고 생태습지공원을 두기로 하는 등 국민적인 공감대 형성에도 노력하기로 했다.