서울시교육청의 '학교정상화 추진계획'은 내용이 구체적인 만큼 일선 학교에서 시행되면서 적지 않은 문제점이 나타날 것으로 예상된다. 교육청은 '방과후 교육활동'을 오후 10시까지 실시할 계획이지만 교사가 지도하는 보충수업은 현실적으로 3시간 정도밖에 운영할 수 없어 나머지 시간에는 자율학습을 실시한다. 그러나 자율학습은 학습능률이나 효과가 낮아 학생들로부터 외면받을 수 있다. 특히 현직교사를 강사로 최대한 활용한다는 방침도 학생 학부모들의 신뢰를 얻을 수 있을지 의문이다. '수준별 이동수업'의 경우 평가방법이 문제다. 수준별로 가르친 만큼 수준별로 평가해야 하지만 아직 평가방법이 확정되지 않아 당분간은 기존처럼 학력차를 인정하지 않고 절대평가를 하게 된다. 서울 인문계 고교 3학년의 한 부장교사는 "수업에는 당연히 평가도 뒤따라야 하는데 수준별 수업은 평가 문제가 해결되지 않아 이 수업이 제대로 이뤄질지 우려된다"고 말했다. 내신과 연관되는 수행평가의 배점이 크게 늘어나는 것도 논란이 예상된다. 수행평가는 지금까지 대표적으로 '성적 부풀리기'에 이용돼온 제도로 해결책 없이 무작정 비중만 늘렸다는 우려를 낳고 있다.