한·일간 영원한 숙제인 과거사 문제가 회담 후 공동 기자회견에서 주요 관심사로 부각됐다. 노무현 대통령은 "미래지향적 차원에서 과거사 문제를 흔쾌히 해결해줄 것을 지속적으로 요구해왔지만 한국이 자꾸 일본에 역사문제를 끄집어내 사과를 요구할 때 과연 한·일간 우호친선에 큰 도움이 될 것인가에 대해선 부정적 생각을 갖고 있다"고 밝혔다. 이어 "감정적 차원에서 역사문제 해결을 요구할 게 아니라 일본 자국 내에서 해결될 수 있도록 하는 관점이 필요하다는 생각"이라며 일본측의 '결자해지'를 거듭 촉구했다. 이에 대해 고이즈미 총리는 양국간 공동 역사연구가 진행 중이라는 점을 거론한 뒤 "장래의 우호협력 관계를 살리는 시각이 필요하다"며 교과서적인 대답을 했다. 야스쿠니 신사참배 문제에서도 고이즈미 총리는 "과거 고난의 길을 걸었고 목숨을 잃을 수 밖에 없었던 선인들에 대해 경의와 감사의 뜻으로 참배하고 있다"고 해명했다. 일본 지도층의 '망언'에 대해서는 "한국분들의 마음을 불쾌하게 하는 발언도 있었을지 모르겠다"고 인정했다.