"사실상 독도는 무가치한 섬이다. 폭발이라도 해서 없애버리면 문제가 없을 것이다. (62년 9월 이세키 유지로 일본 아세아 국장)" 한·일협정에서 최대 핵심쟁점이었던 독도 영유권 문제는 어떻게 처리됐을까. 결론적으로 이 문제는 어느 일방의 주장도 수용되지 않고 명확한 결론을 내리지 않은 채 봉합되는 선에서 마무리돼 지금까지도 양국 간 현안으로 남게됐다. 독도 문제의 발단은 1953년 4월 제2차 한·일회담 어업분과위원회에서 일본이 독도는 자국 영토며,일본 영토까지 포함시킨 평화선은 불법적인 획선(劃線)이라는 점을 강조하면서 불거졌다. 이후 양측은 한 치의 양보도 없이 설전을 벌이며 한 때 독도 폭파가 거론되는 상황까지 갔다. 일본은 회담기간 내내 독도 문제를 국제사법재판소에 제소할 것을 집요하게 제의했고,우리 정부는 독도가 우리 영토임이 명백한 만큼 한·일회담의 의제가 될 수 없다고 강하게 맞서는 상황이 지루하게 이뤄졌다. 이 과정에서 김종필 당시 중앙정보부장이 "농담으로는 독도에서 금이 나오는 것도 아니고 갈매기똥도 없으니 폭파해버리자고 말한 일이 있다. (62년 11월)"고 발언,곤욕을 치르기도 했다. 독도 문제는 결국 회담 서명 당일 일본측이 교환공문상에서 독도라는 글자를 삭제함으로써 봉합된 채 막을 내렸다.