CJ는 식품 안전의 중요성에 일찌감치 눈을 떠 국내 식품업체로는 처음으로 지난 1997년 영등포 공장에 '식품안전 연구센터'를 설립했다. 식품안전 연구센터의 주요 역할은 △식품위생 관련 법규 및 기준 규격의 제정 및 개정 대응책 △CJ그룹 자체의 식품안전 지침 제정 및 개정 △시판 제품 모니터링 △HACCP(식품 위해요소 중점관리)시스템 확대 △전문교육 프로그램 개발 △식품 안전 감사 등이다. CJ는 식품 안전의 핵심인 HACCP 시스템을 전사적으로 구축하기 위해 CJ FGMP(Food Good Manufacturing Practice)가이드 라인을 확립했다. 또 본사와 협력업체 신규 공장 건설 혹은 증축시 식품안전 확보를 위한 HACCP 기준의 설계기술도 지원하고 있다. 한마디로 공장 설계 단계에서부터 식품 안전을 고려하고 있는 셈이다. CJ 식품안전 연구센터가 최근 중점을 두고 있는 분야는 80여개 OEM(주문자상표 부착생산)업체들에 대한 안전 감독이다. 이를 위해 2003년부터 협력업체에 대한 HACCP 컨설팅 시스템을 구축했으며,이는 동종업계는 물론 항공,외식업계의 벤치마킹 모델이 되기도 했다. 협력업체에 대한 안전 감사 중 눈에 띄는 제도는 '3진 아웃제'.안전 심사의 일정 기준인 허들포인트에 3회 이상 미달한 협력업체는 거래선에서 탈락시키는 제도다. 반면 우수 업체에는 안전 컨설팅 비용을 대주는 등 메리트도 제공해 '당근과 채찍'을 함께 구사하고 있다. CJ 안전 시스템의 또다른 특징은 신제품,원료,포장재 등의 안전성 및 표기사항을 식품안전 연구센터 등에서 검증을 받아 문서로 데이터베이스에 등록해야 하며,그렇지 않을 경우 안전 게이트에 걸려 출시되지 못하도록 돼 있다.