줄기세포를 둘러싼 후속보도와 관련,네티즌들의 반응은 의외로 차분했다. MBC 'PD수첩'의 시청자 게시판에서 한 네티즌은 "황 교수님의 연구 성과도 훌륭하다고 보고 'PD수첩'의 보도도 제보에 따라 자신의 사명을 다했다고 봅니다. 하지만 서로 편이 갈려 비난하는 것은 감정만 상할 뿐이지 도움이 되지 않을 거라고 생각합니다"라고 의견을 밝혔다. 네이버 카페 '사랑해요 PD수첩'에도 "흥분하지 말고 차분하게 돌아보자"는 글이 주류를 이뤘다. 필명 '나이스진'은 "그동안 PD수첩에 일방적인 비난을 퍼부은 사람들처럼 이제는 황우석 박사에 대한 지나친 공격이 걱정된다"며 균형감각을 갖자고 호소했다. 필명 '팔불출'은 "황우석 연구 성과를 방해하는 보이지 않는 세력도 있을 수 있으니 3탄에서는 더 깊은 이면의 음모를 파헤쳐 달라"고 주문했다.