설립 4년내 과기부 인정 못받아도 지방세 면제

기업이 기술 개발 목적으로 부설연구소를 설립할 때 부동산 취득 이후 4년 이내 과학기술부 장관으로부터 연구소로 인정을 받아야만 지방세를 면제받을 수 있다고 규정한 지방세법은 무효라는 법원의 첫 판결이 나왔다.

이에 따라 과기부 장관이 인정하는 기술개발 연구소를 설립하기 위해 기업이 부동산을 취득하면 자동적으로 지방세 감면을 받을 수 있게 될 전망이다.

지난해 기술개발기업부설연구소로 인증받은 70여개 기업이 감면받은 지방세는 80억원이었다.

서울행정법원 행정2부(김중곤 부장판사)는 기업분할로 인해 기업부설연구소 소유권을 넘겨받은 것에 대해 금천구청이 취득세 등 11억6000여만원의 세금을 추징한 것이 부당하다며 ㈜LG가 금천구청을 상대로 낸 소송에서 원고 승소 판결했다고 9일 밝혔다.

재판부는 판결문에서 "지방세법 시행령 228조가 '부동산을 취득한 후 4년 이내에 기준을 갖춰 과학기술부 장관의 인정을 받은 것'이라고 세금 추징 요건을 규정한 것은 모법(母法)에 해당하는 지방세법 282조의 한계를 벗어난 것으로 무효"라고 밝혔다.

재판부는 "지방세법 시행령은 세금 감면 요건을 정해야 하며 세금 추징 요건을 정해서는 안 된다"며 "부동산을 산 뒤 4년 이내 연구소를 설립하지 못해 과기부 장관의 인정을 받지 못할 경우 (지자체가) 면제했던 세금을 돌려받아야 하는 것으로 봐서는 안 된다"고 덧붙였다.

김현예 기자 yeah@hankyung.com