농협은 크게 단위농협과 중앙회 조직으로 나뉜다.

단위농협은 농·축산 관련 공동 사업과 조합원 대상 예·적금,대출 등 상호금융 업무를 하고 있다.

단위농협의 연합회 성격인 중앙회는 이보다 훨씬 다양한 일을 하고 있다.

본업인 교육지원 사업(농업인 및 교육)과 농업 및 축산 관련 경제사업(농·축산 관련 구매 가공 판매 등)뿐만 아니라 은행,공제,카드,증권,투신 등 다양한 금융 업무를 취급하고 있다.

회계도 관리 신용 교육지원 축산경제 농업경제 등 5개의 특별 회계와 신탁업 상호금융 공제 농작물보험 등 4개의 일반 회계로 나눠 처리한다.

농협은 이 가운데 경제사업에서 매년 1000억원 이상의 적자를 내고 있다.

실제로 농협중앙회는 지난해 8550억원의 순이익을 기록한 가운데 4500억원을 신용사업 부문에서 교육지원사업(경제사업 포괄)부문으로 지원해 줬다.

농협은 이처럼 고전을 면치 못하는 경제 사업의 경쟁력을 확보하기 위해 지난 7월 대형 유통업체 및 가맹점 체인점과의 전략적 제휴를 추진하겠다는 계획을 수립하기도 했다.

지난해 말 농협의 자산과 인원은 289조원과 6만8000명에 이르고 이 중 중앙회의 자산과 인원이 140조원과 1만6000명에 달한다.

현재 농협중앙회의 자회사는 NH투자증권과 농협CA투신,농협선물 등이 있고 내부 조직인 공제(보험)와 신용카드 부문은 향후 분사해 자회사로 전환할 계획이다.