남종현 교수는 산업 및 무역 정책과 그 경제적 효과,국제무역 관계의 문제점 등에 대한 연구에 주력해 이 분야의 학문적 발전에 크게 공헌했다.

또 무역 지원 정책과 관세 정책 등 국내 정책 수립에도 관여해 큰 도움을 줬다.

그동안 무역 및 산업과 관련한 9권의 저서와 40여편의 논문 및 연구보고서를 저술했다.

남 교수는 여러 논문을 통해 구체적인 정책 개선 방안을 제시함으로써 1980년대 한국 정부가 선택한 '개방화' 정책의 이론적 배경을 제공했다.

그는 수출산업 지원,수입 규제 등에 치우쳤던 당시 분위기에서 "개방화가 우리 경제가 추구해야 할 방향"이라고 지속적으로 역설했다.

1983년에는 관세율 개편 5개년 계획 수집 과정에 참여했고 이어 1988년 제2차 관세율 개편 5개년 계획에는 공동 민간대표를 역임하기도 했다.

1986년에는 세계은행의 간판 격 출판물인 '세계 개발리포트 1987:무역과 산업화'의 집필에도 참여해 가장 핵심적인 '5장;무역정책과 산업화'를 썼다.

여기서는 1963~1985년 사이 세계 개발도상국들이 선택한 무역정책과 거시적 변수들의 관계를 이론 및 실증적 차원에서 심도있게 분석함으로써 향후 개발도상국들이 지향해야 할 정책적 대안을 제시했다.

특히 1980년대 세계은행 근무시에는 선진국의 신보호주의 위협을 깊이 인식해 '관세 및 무역에 관한 일반 협정'(GATT) 차원에서의 국제 무역규범이나 규정에 대해서 연구했고 미국의 무역법 등 무역정책에 관한 연구 결과를 다수 내놓았다.

특히 선·후진국 간에 발생하는 무역 마찰의 원인을 분석하고 제도적 개선책을 제시했다.