하나금융지주의 자회사인 하나은행은 2002년 서울은행과 합병할 당시 누적 적자가 1조원에 달했던 서울은행이 흑자인 하나은행을 흡수하는 형식을 택했다.

합병법인명은 흑자 기업 것을 써도 존속법인을 적자기업으로 하면 이월결손금을 이용해 법인세를 감면받을 수 있어서다.당시엔 부실 금융사 구조조정을 위해 정부도 이 같은 법인세 감면 혜택을 어느 정도 용인하는 분위기였다.

하지만 뒤늦게 과세 문제가 불거져 나왔다.국세청이 작년 초 하나은행 정기검사를 하면서 서울은행과의 합병이 법인세법에서 금지하는 '역합병'에 해당한다고 문제를 제기했다.세법에서는 역합병 여부를 가르는 기준으로 합병 당사자 간 특수관계를 따진다.하나와 서울은행은 직접적으로는 아무런 관계가 없지만 제3자가 양쪽 지분의 30% 이상을 보유하면 특수관계에 해당한다.서울은행 매각을 추진했던 예금보험공사는 하나은행 지분 54.6%를 갖고 있었다.1998년 하나가 충청은행을 인수하는 과정에서 예금보험공사가 하나은행 우선주를 사주는 방식으로 충청은행 부실을 메워주면서 하나은행 지분을 갖게 된 것이다.

하나금융은 의결권이 없는 우선주를 포함해 특수관계를 따지는 것은 부당하다고 주장했다.우선주를 포함해 특수관계를 따져야 하는지에 대한 논란이 일자 국세청은 지난해 8월 재정경제부에 유권해석을 의뢰했다.

서울은행 매각 당시의 재경부 관리 및 공적자금관리위원들의 정책적 판단과 5년 뒤인 현재의 세무 당국의 법해석 간 차이로 하나금융은 예상치 못한 대규모 세금 부담을 떠안게 됐다.

정인설 기자 surisuri@hankyung.com