이승훈 교수의 관심 분야는 다양하다. 산업구조와 조직론에서 시작해 기업지배구조 문제와 개발경제학에 이른다.

초기 그의 주 연구 분야는 산업구조론이었다. 1987년 미국 경제학회지에 게재됐던 '수직적 통합 이후 최종재의 가격'이라는 논문이 당시 그의 연구활동을 대표하는 저작물이다.

1990년대부터 지금까지는 현실 경제에 보다 가까운 주제들에 대해 문제의식을 갖고 연구를 진행하고 있다. 2005년에 나온 '재벌 체제와 다국적 기업'은 한국과 싱가포르의 사례를 중심으로 개발도상국의 산업 정책을 실증적으로 분석한 저서다. 이 책에서 이 교수는 우리나라의 경제 개발 과정에서 재벌 체제가 낳은 성과와 문제점을 두루 살피면서 경쟁정책보다는 적절한 기업지배구조를 마련하는 방식으로 오늘날 재벌그룹의 문제점을 해결해야 한다고 주장했다.

국내 경쟁법에 대한 이 교수의 문제 의식은 2006년에 발표한 논문 '현행 공정거래법의 몇 가지 문제'에서도 이어진다. 그는 이 논문에서 부당한 독점화만을 규제하는 미국의 경쟁법이 모든 독점을 규제하는 유럽의 경쟁법보다 더 타당하다는 점을 실증하고 한국의 공정거래법이 유럽의 경쟁법에 가깝다고 지적했다. 이를 근거로 경제력 집중을 억제하는 데 중점을 둔 현행 공정거래법은 미래를 속박하는 부작용을 낳을 것이라고 경고했다. 이와 함께 기업 경쟁력을 높이기 위해 기업가는 정부 지원에 의존하려는 타성을 버려야 하고 정부는 반기업정서에 휘둘려서는 안 된다고 주장했다.