정부는 종합부동산세를 매길 때 재건축 전후의 주택 보유 기간을 합산해 장기보유 공제(보유 기간 5년 이상 20%，10년 이상 40% 세액공제)를 적용키로 했다.

만약 1990년 취득한 아파트를 2003~2005년 재건축을 거쳐 지금까지 팔지 않았다면 보유기간이 18년으로 계산돼 올해분 종부세부터 환급 대상(1세대 1주택 단독명의자만)이 된다.

기획재정부 관계자는 "1세대 1주택 단독명의자에 대한 장기보유 공제를 적용할 때 재건축 아파트는 사업 전후의 주택 보유 기간 및 공사 기간까지 보유 기간에 포함시키기로 했다"고 29일 밝혔다.

현재 재건축 아파트는 양도소득세 비과세 요건을 따질 때는 종전주택과 신축주택의 보유 및 거주 기간을 합산하고 있다. 하지만 최근 종부세법 및 시행령 개정안에서는 보유기간 기산점을 '등기 이후'로만 규정하고 이 같은 특례를 두지 않아 재건축 단지 납세자들의 종부세 환급 신청에 혼선이 있었다.

하지만 이번에 재건축 전후 기간을 합산키로 함에 따라 종전 주택 보유기간이 2년 이상이면 20%,7년 이상이면 40% 세액공제를 받을 수 있게 됐다.

정부는 또 올해분 종부세부터 장기보유자 공제를 적용키로 했다. 따라서 이미 국세청 안내에 따라 종부세를 낸 납세자는 재건축 전후 기간을 합산해 계산한 장기보유 감면액을 돌려받을 수 있다.

차기현 기자 khcha@hankyung.com