한국정책금융공사가 주공 · 토공 합병으로 1000억원 이상의 예기치 않은 세금을 물게 생겼다. 과거 산업은행이 주요 주주였던 주공 · 토공 합병 과정에서 지분 가치가 불어나 이에 따른 법인세를 최근 출범한 정책금융공사가 떠안게 됐기 때문이다.

25일 기획재정부에 따르면 주공 · 토공 합병 과정에서 산업은행이 보유한 지분(주공 9.5%,토공 26.7%) 가치가 4251억원 정도 추가로 증가했으며 이는 세법상 일종의 이익잉여금으로 간주돼 법인세(24.2%)를 내야 한다. 세액은 1029억원이다. 하지만 최근 산은지주와 정책금융공사가 분리되면서 기존 산은이 보유한 공기업 지분이 정책금융공사로 넘어오게 돼 법인세를 내야 하는 주체가 정책금융공사로 바뀌었다. 정책금융공사 초기 납입 자본금이 1000억원인 점을 감안하면 자본 잠식 가능성까지 있는 상황이다.

정책금융공사는 뒤늦게 이 사실을 알고 재정부와 한나라당에 특례 적용을 요청했다. 정책금융공사 관계자는 "장부상 이익잉여금으로 잡힐 뿐 실제 돈이 들어오는 것이 아닌 만큼 납부 시점을 향후 주식 매각 시점으로 늦춰주도록(과세 이연) 요청한 것"이라고 설명했다.

이에 대해 재정부와 한나라당은 구제방안을 긍정적으로 검토하고 있다.

정종태 기자 jtchung@hankyung.com