나씨의 경우처럼 사업과 관련해 아파트형 공장을 분양받아 토지 · 건물에 대한 분양대금을 납입할 경우 토지는 부가가치세가 면세되기 때문에 부가가치세를 물지 않아도 된다. 이에 비해 공장건물에 대해선 부가가치세를 10% 물어야 하며 부가가치세 신고시 매입세액으로 공제받을 수 있다. 접대비의 경우 비록 사업과 관련해 지출했다고 하더라도 부가가치세 예정 또는 확정 신고시 부가가치세 매입세액공제를 받을 수 없다. 다만 법인세 신고시 법인세법상 일정금액 한도 내에서 접대비로 비용공제가 가능하다.
부가가치세 과세사업자가 재화 및 용역을 매입하고 부가가치세를 부담한 경우 이를 부가가치세 매입세액이라고 한다. 부가가치세 매입세액이라고 하더라도 부가가치세법상 매입세액 공제가 되지 않는 경우가 있다.
부가가치세 매입세액 불공제 사유는 △세금계산서를 받지 않았거나 세금계산서의 필요적 기재사항(공급하는 사업자의 사업자등록번호와 성명 또는 명칭 · 공급받는 자의 사업자등록번호 · 작성연월일 · 공급가액과 부가가치세)을 세금계산서에 기재하지 않거나 사실과 다르게 기재된 경우 △세금계산서를 받고 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 않거나 제출한 합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호와 공급가액이 기재되지 않는 경우 등이 있다. 또 △사업과 직접 관련이 없는 매입세액 △비영업용 소형 승용자동차의 구입 및 임차 · 유지 관련 매입세액 △접대비 관련 매입세액 △토지조성 등을 위한 자본적 지출 관련 매입세액 △사업자등록전 매입세액 △공통매입세액 중 면세 사업 관련분은 비록 세금계산서를 받았다 하더라도 매입세액 공제가 되지 않는다.
다만 △매입처별 세금계산서 합계표를 제출하지 않거나 부실기재한 경우라 하더라도 수정신고 · 경정청구 · 기한후신고를 하는 경우 △매입처별 세금계산서 합계표의 거래처 등록번호 및 공급가액이 착오로 사실과 다르게 기재되었거나 교부받은 매입세금계산서에 의해 거래사실이 확인될 경우 △세무서장 등의 경정시 경정기관의 확인을 거처 제출하거나 재화 · 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로 당해 공급시기가 속하는 과세기간 내에 교부받은 경우 △사업자등록 신청일로부터 사업자등록증 교부일까지 거래분에 대해 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 기재하여 세금계산서를 받은 경우엔 매입세액을 공제할 수 있다.
특히 비영업용 소형 승용자동차 관련 구입 및 임차 · 유지 관련 매입세액은 업무에 직접 사용하였는지 여부에 관계없이 매입세액공제가 되지 않음에 유의해야 한다. 비영업용 소형승용자동차는 개별소비세법 제2조 3호 및 별표1에 규정된 일반형 승용자동차(8인 이하의 자동차에 한함.다만 배기량이 1000㏄ 이하이고 길이가 3.6m 이하이고 폭이 1.6m 이하의 것은 제외),배기량 125㏄ 초과 이륜자동차,캠핑용자동차를 말하며 유류대 및 수선비 등은 부가가치세 매입세액공제를 받을 수 없다. 그러나 과세사업에 사용할 9인승 이상의 승용 · 승합자동차,화물자동차 관련 매입세액 등은 공제가 가능하다.