전자제품 회사에서 기술부장으로 재직하다가 작년 연말에 퇴직한 나창업씨는 전자부품 제조 법인을 설립하고 아파트형 공장을 사들여 사업을 시작하려 한다. 아파트형 공장을 분양받아 대금을 납입하면서 분양회사로부터 토지분에 대한 계산서와 공장건물에 대한 세금계산서를 받았다. 또 거래처를 유치하기 위해 접대비 등을 쓰고 신용카드로 결제하면서 부가가치세를 부담했다. 이 경우 부가가치세 신고시 매입세액공제가 가능한지 알고 싶다.

나씨의 경우처럼 사업과 관련해 아파트형 공장을 분양받아 토지 · 건물에 대한 분양대금을 납입할 경우 토지는 부가가치세가 면세되기 때문에 부가가치세를 물지 않아도 된다. 이에 비해 공장건물에 대해선 부가가치세를 10% 물어야 하며 부가가치세 신고시 매입세액으로 공제받을 수 있다. 접대비의 경우 비록 사업과 관련해 지출했다고 하더라도 부가가치세 예정 또는 확정 신고시 부가가치세 매입세액공제를 받을 수 없다. 다만 법인세 신고시 법인세법상 일정금액 한도 내에서 접대비로 비용공제가 가능하다.

부가가치세 과세사업자가 재화 및 용역을 매입하고 부가가치세를 부담한 경우 이를 부가가치세 매입세액이라고 한다. 부가가치세 매입세액이라고 하더라도 부가가치세법상 매입세액 공제가 되지 않는 경우가 있다.

부가가치세 매입세액 불공제 사유는 △세금계산서를 받지 않았거나 세금계산서의 필요적 기재사항(공급하는 사업자의 사업자등록번호와 성명 또는 명칭 · 공급받는 자의 사업자등록번호 · 작성연월일 · 공급가액과 부가가치세)을 세금계산서에 기재하지 않거나 사실과 다르게 기재된 경우 △세금계산서를 받고 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 않거나 제출한 합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호와 공급가액이 기재되지 않는 경우 등이 있다. 또 △사업과 직접 관련이 없는 매입세액 △비영업용 소형 승용자동차의 구입 및 임차 · 유지 관련 매입세액 △접대비 관련 매입세액 △토지조성 등을 위한 자본적 지출 관련 매입세액 △사업자등록전 매입세액 △공통매입세액 중 면세 사업 관련분은 비록 세금계산서를 받았다 하더라도 매입세액 공제가 되지 않는다.

다만 △매입처별 세금계산서 합계표를 제출하지 않거나 부실기재한 경우라 하더라도 수정신고 · 경정청구 · 기한후신고를 하는 경우 △매입처별 세금계산서 합계표의 거래처 등록번호 및 공급가액이 착오로 사실과 다르게 기재되었거나 교부받은 매입세금계산서에 의해 거래사실이 확인될 경우 △세무서장 등의 경정시 경정기관의 확인을 거처 제출하거나 재화 · 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로 당해 공급시기가 속하는 과세기간 내에 교부받은 경우 △사업자등록 신청일로부터 사업자등록증 교부일까지 거래분에 대해 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 기재하여 세금계산서를 받은 경우엔 매입세액을 공제할 수 있다.

특히 비영업용 소형 승용자동차 관련 구입 및 임차 · 유지 관련 매입세액은 업무에 직접 사용하였는지 여부에 관계없이 매입세액공제가 되지 않음에 유의해야 한다. 비영업용 소형승용자동차는 개별소비세법 제2조 3호 및 별표1에 규정된 일반형 승용자동차(8인 이하의 자동차에 한함.다만 배기량이 1000㏄ 이하이고 길이가 3.6m 이하이고 폭이 1.6m 이하의 것은 제외),배기량 125㏄ 초과 이륜자동차,캠핑용자동차를 말하며 유류대 및 수선비 등은 부가가치세 매입세액공제를 받을 수 없다. 그러나 과세사업에 사용할 9인승 이상의 승용 · 승합자동차,화물자동차 관련 매입세액 등은 공제가 가능하다.