법원의 무죄 선고에 대해 많은 시민이 의아해하는 가운데 진보단체들은 환영했다. 이병훈씨(가명 · 50)는 "TV 프로그램 하나로 세상을 발칵 뒤집어 놓았는데 이번 판결로 면죄부를 준 것 아니냐"고 이해할 수 없다는 반응을 보였다. 김진수 뉴라이트전국연합 대변인도 "MBC 내부에서도 내용 자체가 왜곡됐고 과대포장됐다는 지적이 있었고,잘못된 프로그램으로 나라 전체가 엄청난 피해를 봤는데도 법원이 이렇게 국민의 법 정서에 심각한 혼란을 초래하는 판단을 내린 데 대해 너무 실망스럽다"고 말했다.

자유주의진보연합은 "법치주의를 추구하는 사법부가 법을 무시하는 판결을 내린 것은 법원의 신뢰를 무너뜨리는 행위"라며 "사법부의 개혁이 이뤄져야 한다"고 주장했다.

이에 반해 참여연대는 "검찰지휘부 부장검사 등은 무리한 기소에 책임을 져야 한다"며 "검찰의 권력 남용을 반성할 계기며 이에 검찰이 반발하면 결국 스스로 수렁에 빠질 것"이라고 주장했다. 경실련은 "PD수첩 보도가 사실이 아니었더라도 언론중재 과정을 거치는 등의 일을 했어야 하는데 바로 사법권을 활용한 것은 옳지 못한 일이었다"고 밝혔다.

김병일 기자 kbi@hankyung.com