각종 면허를 받은 개인이나 법인이 내는 면허세가 자산운용사들이 운용중인 대부분의 펀드에 부과됐거나 부과될 것으로 나타났다.

면허세 부과 근거를 마련한 행정안전부나 운용사들은 펀드에 면허세가 붙고 있는 사실조차 모르고 있는 것으로 드러나 문제의 심각성을 더해주고 있다.

25일 관련업계에 따르면 서울시 종로구과 중구는 해당 지역내의 자산운용사에게 펀드별로 면허세 고지서를 발급한 것으로 확인됐다. 고지서는 자산운용사당 적게는 10여장에서 많게는 70여장까지 지로 형태로 발급됐다.

장당 부과금액은 면허세 1종에 해당하는 금액인 4만5000원이다. 자산운용사별로는 최대 400만원 가량에 달한다. 납부기한은 이달 말까지다.

그동안 펀드에 대한 면허세 부과는 법인체인 ‘뮤추얼 펀드’에만 적용됐다. 운용중인 펀드에 대해 지방세인 면허세를 부과한 것은 이번이 처음이다. 이는 지난해 5월 개정된 지방세법 시행령에 따른 것이다.

지방세법 시행령 제124조에 따르면 ‘자본시장법 제 182조항에 따른 집합투자기구 등록’을 면허세 과세 대상으로 명시했다. 집합투자기구는 자본시장법상 펀드(투자신탁)를 지칭하는 용어다. 따라서 법인격이 없는 펀드에도 과세 근거가 만들어진 셈이다.

고지서를 받은 운용사는 종로구에 본사를 둔 교보악사자산운용을 비롯해 피델리티자산운용, JP모간자산운용, 도이치투신운용, 기은SG자산운용, 골드만삭스자산운용 등 외국계 자산운용사들이 대부분이다.

자산운용사가 몰려있는 영등포구의 경우 발급을 준비중인 고지서만도 5000건 이상에 달하면서 업무가 지연되고 있는 것으로 전해졌다. 이에 따라 영등포구에 본사를 둔 자산운용사들의 펀드 면허세 납부기한이 3월말께로 연기된 것으로 알려졌다.

문제는 면허세 부과주체인 지방자치단체가 고지서를 발급하기 전까지 해당 자산운용사와 투자자는 물론, 금융투자협회, 면허세 부과 근거를 마련한 행정안전부 등 이해당사자 어느 누구도 펀드에 대한 세금부과 사실을 전혀 몰랐다는 점이다.

한 외국계 자산운용사 관계자는 "얼마전 컴플라이언스 쪽으로부터 면허세 부과 사실을 통보받고 황당했다"며 "자본시장법이 시행된지 1년이 다되어 가는데, 이에 따른 변경사항들을 지금에서야 알게 되다니 어처구니가 없다"고 말했다. 한국의 법률이니 따르겠지만 세율없이 펀드당 일괄적으로 매기는 세금은 처음본다는 얘기도 덧붙였다.

다른 운용사 관계자도 "금융투자업 인가를 받은 자산운용사라면 기존에도 면허세를 매년 납부하고 있다"며 "하지만 법인격이 없는 펀드에 면허세를 부과한 것은 행정 편의적인 발상"이라고 꼬집었다.

이에 대해 금투협측은 자본시장법 시행이후에 지방세법 시행령이 펀드에 면허세를 부과할 수 있도록 개정됐다는 사실을 몰랐다고 인정했다. 금투협 관계자는 "지난 해 2월 자본시장법 발효 당시 법률 통합에 수반되는 개정 사항들을 검토했다"며 "하지만 이 보다 늦게 개정된 지방세법 시행령까지는 챙기는 건 역부족이었다"고 토로했다.

이 관계자는 "면허세 고지를 받았다는 업계 인사의 제보를 듣고 행정안전부와 의견을 나눴다"며 "업계와 투자자들에게 불이익이 없도록 조치를 취하겠다"고 강조했다. 금투협과 행안부는 이번주중 긴급회의를 소집, 이번 면허세 부과문제에 대한 해결책을 마련할 방침이다.

주무부서인 행안부 관계자는 "지방세법 시행령 개정 과정에서 면허세 과세 대상이 되는 펀드의 범위를 확인하지 못했다"며 집합투자기구에 법인격인 뮤추얼펀드 뿐 아니라 일반 펀드도 포함된다는 사실을 몰랐다고 인정했다. 이 관계자는 "금융위원회와 서울시 등과의 협의를 거쳐 기본법과 면허세의 기본취지에 맞도록 세금부과 방침에 대한 의견을 나눌 예정"이라고 말했다.

여의도에 본사를 둔 한 자산운용사 관계자는 "펀드에 대한 면허세가 부과된다면 누가 그 부담을 지게 될 지도 문제"라며 "업계가 안게 될 지 펀드자체 보수로 부담시켜 투자자의 부담으로 돌릴 지도 고민거리"라고 전했다.

한경닷컴 김하나 기자 hana@hankyung.com