국세청 세무조사 공무원이 임의로 과세기간(1년 단위)을 확대하거나 사전 승인 없이 금융거래정보를 조회하는 등 세무조사 시 납세자 권익보호 절차가 제대로 지켜지지 않는 것으로 나타났다. 또 단위농협이 세무조사의 사각지대에 있는 것으로 지적됐다.

22일 감사원의 '세정 신뢰도 개선실태'감사 결과에 따르면 서울 지방국세청등 3개 지방국세청에서 2007~2008년 세무조사업무를 처리하면서 세무조사 공무원이 납세자보호위원회 등의 사전 승인 없이 조사 대상 업체 1574곳 중 1134곳의 과세기간을 임의로 확대해 조사했다. 가령 세무조사에 착수하기 전에 과세기간을 2005~2008년으로 정했다가 도중에 임의로 2003년과 2004년까지 포함시킨 경우가 많았다는 것이다.

하지만 임의로 확대 조사한 1134곳 중 425곳(37%)에 대해서는 해당 기간에 대한 세금추징 실적이 없었고,과세기간 확대 사실을 종결보고서에 기재하지도 않아 세무조사권을 남용할 우려가 있다고 감사원은 밝혔다.

국세청은 또 금융거래를 조회하거나 조사할 때 그 사유와 범위를 구체적으로 명시해 조사국장의 승인을 받아야 하지만 업체 142곳에 대해서는 승인 없이，168곳에 대해서는 승인받은 조회기간을 임의로 확대해 조회했다.

뿐만 아니라 세무조사 결과를 늦게 통보함으로써 납세자들이 가산세를 부담하도록 하는 사례가 비일비재한 것으로 나타났다. 세무조사 결과는 7일 이내에 납세자에게 통지해야 하지만 업체 6458곳 중 1299곳(20%)에는 통지기한으로부터 최장 397일이 경과한 뒤 조사결과를 알려 납세자에게 가산세를 추가로 부담하도록 했다.

감사원은 국세청장에게 이 같은 사실에 대한 지도 · 감독 방안을 마련하도록 통보했다.

국세청은 또 단위농협등 290개 조합법인을 특별한 이유없이 10년 이상 세무조사 대상에서 제외함으로써 정기적으로 세무조사를 하는 공인법인과 형평성을 저해한 것으로 나타났다. 감사원은 "단위농협 등 조합법인은 분식회계를 통한 비자금 조성이나 횡령 등 회계비리가 빈번한데도 세무조사의 사각지대에 있는 실정"이라며 국세청장에게 조합법인이 장기간 세무조사 대상에서 제외되는 일이 없도록 하는 방안을 마련하라고 통보했다.

장진모/장성호 기자 jang@hankyung.com