국민연금공단이 올 들어 한국예탁결제원이 원천징수한 주식 거래세 납부액을 반환해줄 것을 최근 요구한 것으로 확인됐다. 이는 국민연금에 대한 거래세 부과가 부당하다는 주장을 처음으로 공식화한 것으로,납세를 대행하는 예탁결제원이 세금 반환에 불응하거나 세무 당국에 의해 거래세 경정청구가 받아들여지지 않을 경우 행정소송으로 갈 가능성도 제기되고 있다.

국민연금 관계자는 23일 "'증권거래세납부액 반환청구' 공문을 지난 16일 예탁결제원에 발송했다"고 밝혔다. 국민연금은 이미 정부의 거래세 부과가 부당하다고 판단,외부기관으로부터 법률 자문까지 마친 상태다.

결제원 측은 국민연금의 요구를 받아들여 관할 영등포세무서에 경정청구를 할지 검토 중이다. 결제원 관계자는 "결제원이 투자자들의 거래세를 원천징수해 납부하는 납세 의무자이긴 하지만 과세 부과의 정당성을 따질 만한 입장은 아니다"며 "세무 당국의 유권해석을 받아 그대로 과세하거나 환급해 준다는 것이 기본 입장"이라고 설명했다. 국민연금은 지난 연말 거래세 비과세 조치가 끝나면서 기금이 보유한 주식을 팔 때 매도액의 0.3%를 거래세로 물고 있다. 이에 따라 국민연금은 작년 말 기준 36조원에 달하는 보유 주식을 한 번 사고 팔 경우 연간 1080억원을 거래세로 내야 하는 셈이다.

국민연금 측은 증권거래법상 국가나 지방자치단체는 거래세 비과세 대상인데 국민연금도 연금법상 국가기관이므로 비과세해야 한다는 입장이다. 실제 국민연금법에선 기금 관리 · 운용의 주체를 보건복지부 장관으로 정하고 있고,기금운용본부는 자금을 위탁받아 운용하는 것으로 규정하고 있다.

따라서 국민연금에 대해서도 지식경제부 우정사업본부 기금처럼 비과세하는 것이 바람직하다는 주장이다. 국민연금 관계자는 "기금 운용을 위탁받은 선의의 관리자로서 세금 부과의 부당함을 제기하는 것"이라고 설명했다.

국민연금이나 보건복지부는 일단 결제원의 진행 사항을 지켜본 후 대응 방안을 결정한다는 입장이다. 하지만 업계에서는 이번 부당이익 반환청구가 받아들여지지 않을 경우 행정소송으로 치달을 가능성이 높다고 보고 있다.

보건복지부 관계자는 "결제원의 경정청구 여부와 그 결과를 보고 적절히 대응할 것"이라며 "지난 연말 세무 당국의 방침이 달라진 과세 절차상 문제도 지적할 만하다"고 말했다. 지난해 11월까지만 해도 기획재정부는 연기금의 거래세 비과세 조치가 종료된 후에도 국민연금은 비과세 대상이란 의견이었으나,12월 말 열린 국세심판위원회에선 과세 대상이란 해석을 내린 것으로 알려지고 있다.

세무 당국은 국민연금의 주식 거래를 사인(私人) 간 행위로 보고 과세가 정당하다는 입장이다. 일각에서는 사실상 국민연금을 제외한 연기금의 거래세 과세는 세수 확보 차원에서 거의 의미가 없다는 지적에 따라 국민연금도 과세 대상에 포함시킨 것으로 보고 있다.

한편 국민연금은 거래세가 계속 부과될 경우 수익률 하락이 불가피한 위탁운용을 줄이고 직접운용으로 전환하는 방안을 검토하고 있다. 이 경우 매매가 잦아 거래세와 수수료 부담이 큰 인덱스펀드부터 위탁운용을 축소할 방침이다.

서정환 기자 ceoseo@hankyung.com