펀드마다 부과됐던 면허세 납부가 결국 현실화 됐다.

25일 관련업계에 따르면 대부분의 자산운용사들은 운용하고 있는 펀드마다 4만5000원씩 부과됐던 면허세를 납부하기로 결정했다. 결국 주무부처인 행정안전부의 주장을 수용한 것이다.

지난 1월 납부 통지를 받았던 서울시 중구 및 종로구 내의 자산운용사들은 대부분 납부를 완료한 것으로 전해졌다. 또한 여의도 내의 자산운용사들도 면허세를 납부하기로 결정한 것으로 알려졌다.

영등포구청은 지난주 3월말까지를 면허세 부과기간으로 정한 면허세 부과 고지서를 여의도의 자산운용사들에게 발송했다. 일부 자산운용사들은 영등포구청측에 표기오류나 대상펀드의 정정 등을 요청하기도 했지만 대부분 면허세를 납부할 예정이다.

자산운용사들은 매년 내야하는 면허세를 부담하게 된 셈이다. 하지만 일부 납부 고지서에서 부과금액이 9만원으로 늘어난 것으로 확인됐다. 지난해에 부과되지 않은 펀드에 대한 세금분까지 포함됐기 때문이다.

면허세는 매년 1월1일 현재 유효기간 1년을 초과하는 각종 면허를 소유하고 있는 자에게 부과되는 세금이다. 따라서 2009년 6월1일 개정된 지방세법 시행령 발효이후부터 12월말까지 만들어진 펀드의 경우는 2년치인 9만원의 면허세가 매겨졌다.

자산운용사 관계자는 "지자체들은 펀드에 대한 면허세 부과 사실 조차 모르고 있었으면서, 이제는 작년분까지 합쳐서 고지서를 보냈다"며 "지난해 2월 시행된 자본시장통합법에 맞춰 새로운 펀드를 야심차게 출시했는데 오히려 힘이 빠진다"고 토로했다.

또 다른 관계자는 "업계 대부분이 내기로 결정했기 때문에 꼼짝없이 내야하는 상황이 됐다"면서 "하지만 이러한 비용을 자산운용사만이 감당하는 것은 문제가 있다"고 지적했다.

펀드는 실제 사업자도 아니고 법인격도 없다. 그러나 자본시장법에서 펀드를 '집합투자기구'로 정의하면서 펀드는 등록 대상이 됐고, 이에 따라 면허세 대상으로 분류됐다. 업계에서는 그동안 반발을 해왔지만 결국 세금을 납부하기로 결정했다.

금융투자협회 관계자는 "면허세 문제가 불거지고 관련기관들과 협의중이지만 아직은 결정된 사항이 없다"며 "하반기 중으로 문제를 해결해 내년에는 부과를 막도록 노력하겠다"고 말했다.

한경닷컴 김하나 기자 hana@