지역 균형 발전을 위한 비과세 · 세금 감면은 수도권에 비해 상대적으로 낙후된 지방을 돕겠다는 취지를 담고 있다. 기업이나 공장 등이 수도권 밖으로 이전하는 경우,개발이 뒤처진 농업지역에서 경제활동을 하는 경우 세금을 깎아주거나 면제하고 있다.

문제는 이로 인해 발생하는 역차별 문제다. 장기적인 관점에서 지역 균형 발전 세제를 재정비할 필요가 있다는 지적이 나오고 있다.

대표적인 역차별 논란거리는 2008년 10월부터 시행된 지방 골프장에 대한 개별소비세 감면 제도다. 지방 골프장들은 개별소비세 감면분만큼 그린피를 인하해 입장객 수를 크게 늘렸지만 수도권 골프장들은 가격경쟁력 약화로 입장객을 빼앗겨 반발하고 있다.

수도권 골프장들은 자기들에만 개별소비세를 부과하는 것이 조세공평주의에 위배되는 것이 아닌지 가려달라는 심판청구를 조세심판원에 냈고,기각당하자 최근 헌법소원을 준비하고 있다. 기획재정부 고위 관계자는 "수도권 골프장들이 어려움을 겪고 있는 게 사실"이라며 "지방 골프장에 세금 경감 혜택을 주는 것을 올해 말까지만 적용하는 방안을 신중히 검토하고 있다"고 말했다.

세종시 조세특례제한법 개정안을 놓고도 역차별 논란이 적지 않다. 혁신 · 기업도시에 입주할 기업들을 세종시에 빼앗기는 것 아니냐는 우려다. 정부가 혁신 · 기업도시에 세제 혜택을 일부 주기로 하면서 반발이 다소 가라앉긴 했지만 특정 지역에만 적용하는 비과세 · 세금 감면이 어떤 부작용을 가져오는지를 잘 보여줬다는 평가다.

이 밖에 최근 시행에 들어간 지방 미분양주택 양도소득세 감면이나 대덕연구개발특구 세제 혜택 등도 역차별 논란을 가져올 수 있는 제도들이다.

정지은 국회 예산정책처 경제분석관은 "같은 업종의 기업이라도 지역에 따라 세금이 달라지기 때문에 생각지 못한 억울한 피해가 발생하기도 한다"며 "균형 발전 비과세 · 세금 감면은 신중하게 시행해야 하고 기존 제도에 대한 정비도 필요하다"고 지적했다.

서욱진 기자 venture@hankyung.com