서울의료원은 심혈관센터 · 재활의학센터 · 건강검진센터 · 암센터 · 응급의료센터 등 5개의 전문센터를 운영하고 있고 서울시 동부병원,북부노인병원,강남구 정신보건센터를 시와 강남구에서 위탁받아 운영 중이다. 한편 오는 3월25일 중랑구 신내동 316번지 일대 부지 38,139㎡에 신축한 지하 4층, 지상 13층 623병상 규모의 서울의료원은 제2의 도약을 준비중이다. 신축병원은 신재생에너지를 활용한 자연친화적인 건물로 지어진 8센터 23개 진료과의 대표 공공병원으로 발전할 것이다.
2009년 서울시가 '봉사와 나눔의 해'를 선포하면서 서울의료원은 사회안전망 확보 차원에서 장애인,기초생활보호대상자,집단거주지 복지시설 수용자 등 사회의료 취약계층을 대상으로 정기적인 무료 진료를 시행하고 있다.
또한 서울시 산하 8개 시립병원으로 구성된 '서울특별시 나눔진료봉사단'의 중심적 역할을 담당하여 의사와 간호사, 약사 등으로 구성된 전문인력과 이동진료 차량서비스를 통해 직접 시민들을 찾아가서 건강검진과 무료진료 등의 의료취약계층의 사회안전망 역할을 성실히 수행하고 있다.
서울의료원은 저소득층 말기환자를 위해 호스피스 서비스를 실시하고 있고 병원 이용이 어려운 국내 거주 조선족 동포와 외국인 근로자를 대상으로 무료진료도 시행하고 있다.
이 외에도 홀몸노인 가정간호 서비스를 비롯해 저소득층 여성폭력피해자 및 위기청소년 대상의 무료진료 서비스도 진행하고 있다. 지난해 6월에는 서울의료원에 소속돼 있는 새터민(탈북) 출신 의사가 참여해 탈북 청소년 학교인 경기 안성의 탈북청소년 교육시설을 찾아가 건강 진료를 실시했다.
2008년 3월에는 시 산하 병원 최초로 아토피 전문클리닉을 개설해 아토피 치료 및 환경성 질환 연구에도 힘쓰고 있다. 최근 아토피 피부염 · 알레르기 비염 · 천식 등 환경성 질환자가 증가하면서 이를 해결하기 위해 아토피 전문의를 비롯해 가족치료 개념을 도입,호흡기내과 · 피부과 · 가정의학과 등과 연계한 효과적인 치료에 적극 나서고 있다.
글로벌 의료 서비스의 일환으로 지난해 4월 외국인 진료소를 개설했으며 전 세계 5개 대륙 한인회와 양해각서(MOU)를 체결해 재외한인이 서울의료원에서 치료받을 경우 다양한 혜택을 주기로 했다.
이러한 노력에 힘입어 서울의료원은 시립병원 평가 및 지역거점 공공병원 운영평가에서 3년 연속 우수기관에 선정됐고, 2007년에 실시된 서울시 산하 투자 · 출연기관 대상 고객만족도 조사에서는 1위를 차지했다.