국세청의 기업 세무조사가 최근 수년 새 크게 줄어든 것으로 나타났다.

18일 국세청에 따르면 세무조사를 받은 법인사업자 수는 2005년 6343곳에서 2006년 5545곳,2007년 4174곳,2009년에는 3867곳으로 감소했다. 4년 만에 40% 가까이 줄어든 것이다. 특히 리먼브러더스 파산사태로 글로벌 금융위기가 터졌던 2008년에는 세무조사를 받은 기업 수가 2974곳에 그쳤다. 세무조사를 받은 기업에 부과한 세액도 2005년 3조158억원에서 2009년 2조735억원으로 4년 새 3분의 1가량 감소했다.

국세청 관계자는 "세무조사 운영 방식을 양보다 질에 중점을 두는 방향으로 바꾼 데다 최근 몇 년 동안 국제회계기준을 채택해 회계투명성을 높인 기업이 크게 늘어 세무조사 대상이 줄었다"고 설명했다.

기업에 대한 세무조사가 줄어든 것과는 달리 의사 변호사 학원장 등 고소득 자영업자에 대한 세무조사는 대폭 강화됐다. 세무조사를 받은 개인사업자는 2005년 3989명에서 2009년 3068명으로 감소했지만 이들 사업자에 부과한 세액은 같은 기간 2298억원에서 4770억원으로 2배 이상 증가했다.

강동균 기자 kdg@hankyung.com