대주주의 친족이 아닌 임직원은 주식양도차익 과세 대상에서 제외된다. 소득공제 대상이 되는 연금계좌의 연금수령 기간도 ‘15년 이상’에서 ‘10년 이상’으로 완화된다.

기획재정부는 지난달 입법예고한 세법 시행령 개정안을 이같이 수정해 15일 공포·시행한다고 12일 밝혔다. 시행령 개정안은 이날 오전 열린 국무회의에서 의결됐다.

현재 세법상 오너가 아닌 기업의 대표이사나 임원인 경우 주식을 1주라도 갖고 있으면 오너의 특수관계인으로 분류돼 주식양도차익에 대해 세금을 내야 한다. 하지만 이번 시행령 개정으로 대주주(오너)의 친족이 아닌 임원들은 보유주식 규모에 관계없이 주식차익 양도세를 내지 않아도 된다.

재정부가 이 같은 수정안을 마련한 것은 지난달 발표한 세법 시행령 개정안 중 주식양도차익 과세대상 대주주의 범위(지분 2% 또는 50억원 이상)가 모호했기 때문이다. 당초 시행령은 과세대상에서 ‘국세기본법상 특수관계인 중 법인의 사용인을 제외한다’고 규정했었다. 하지만 ‘법인의 사용인’이라는 표현에 전문경영인 및 임원이 포함되는지 여부가 불확실하다는 지적이 많이 제기되자 이번에 대상자를 명확히 하기 위해 내용을 수정했다는 설명이다.

수정안은 또 소득공제 대상이 되는 연금계좌의 연금 수령 기간을 15년 이상에서 10년 이상으로 조정했다. 또 종신형 연금보험의 비과세 요건 가운데 보증기간을 ‘10년 이내’에서 ‘통계청장이 고시하는 기대 여명 이내’로 수정했다. 기대 여명 이내로 보증기간을 조정하더라도 종신형의 경우 조세회피 우려가 크지 않다는 이유에서다.
수정안은 이와 함께 신성장동력산업ㆍ원천기술 연구개발(R&D) 세제지원 대상 기술에 제약산업을 추가했다. ‘혁신형 개량신약’을 개발하면 R&D 비용의 최대 20%까지 공제혜택이 부여된다. 중소기업은 30%까지 세액공제를 받을 수 있다.

임원기 기자 wonkis@hankyung.com