직원 수가 9명에 불과한 지주회사만 지방으로 옮긴 기업도 3년간 법인세 1800억여원을 감면받는 등 정부의 세금감면 제도가 방만하게 운영됐던 것으로 감사원 감사 결과 확인됐다.

감사원은 1일 이 같은 내용이 포함된 ‘조세감면제도 운영실태’ 감사 결과를 발표했다. 감사는 기획재정부와 국세청, 관세청을 대상으로 지난 2월부터 4월까지 진행됐다.

감사원에 따르면 지주회사 A사는 2009년 3월 제주도로 이전한 이후 2011년까지 3년간 법인세를 100% 감면받았다. 이 기간 감면받은 금액은 1888억여원에 이른다. 정부는 본사 및 공장을 수도권 외 지역으로 이전할 경우 10년간 법인세를 감면해주는 제도를 운용하고 있다.

문제는 A사의 직원 수가 9명에 불과했다는 사실이다. 당시 A사가 일본법인을 통해 간접지배한 계열사 B사의 직원 수는 760명이었는데, B사는 수도권에 머물렀다.

감사원 관계자는 “계열사인 B사 직원 760여명이 수도권에 머무른 상태에서 지주사 직원 9명이 지방으로 옮겼다고 법인세를 감면해준 셈”이라고 지적했다.

도병욱 기자 dodo@hankyung.com