동부하이텍이 세무당국을 상대로 낸 수백억원의 법인세 취소소송에서 승소했다.

서울행정법원 제3부(부장판사 김병수)는 동부하이텍이 약 778억원의 법인세 부과 처분이 부당하다며 삼성세무서장을 상대로 낸 법인세 부과 처분 취소소송에서 원고 승소 판결을 내렸다고 2일 밝혔다.

동부하이텍은 2007년 동부한농이 동부일렉트로닉스를 합병해 동부하이텍으로 새출발할 때 발생한 자산평가차익(매수원가-피합병회사의 자산가치=2932억원)을 당시 금융감독원의 합병회계처리준칙에 따라 회계상 영업권으로 처리했다. 이후 2010년 회계상 영업권도 합병 차익으로 보고 과세할 수 있도록 관련 세법이 개정됐다. 삼성세무서는 지난해 3월 이 같은 개정 세법을 소급 적용해 778억원의 법인세를 부과하자 동부하이텍은 소송을 냈다.

재판부는 “피합병법인(동부일렉트로닉스) 순자산의 공정가액을 초과하는 합병 대가 전부가 아니라 그중 자산적 가치가 있는 부분만이 (과세 가능한) 영업권으로 인정된다”며 “자산적 가치가 있는 부분이 얼마인지 확인돼야 비로소 그 금액을 세법상 영업권으로 인정해 합병평가차익으로 과세할 수 있는데 이 사건의 경우 영업권에 대한 직접적인 인식이나 평가가 없었다”고 판결했다.

이 판결로 동부하이텍은 분할 납부한 300억원가량의 법인세를 돌려받을 수 있게 됐다. 동부하이텍 관계자는 “동부하이텍을 인수하고 싶어하는 기업들 입장에선 큰 불확실성이 해소된 것”이라고 말했다.

배석준/남윤선 기자 eulius@hankyung.com