서울시가 재개발구역에 지어진 임대아파트에 대한 취득세를 조합에 징구하고 나섰다. 조합들은 재개발사업에서 임대아파트 건설이 의무인 데다 운영을 통한 수익은 서울시에서 가져가는 만큼 취득세 납부가 부당하다며 맞서고 있다.

11일 교남동 일대 중개업소에 따르면 돈의문1구역조합(‘경희궁자이’·사진)은 최근 종로구청을 상대로 취득세 부과가 부당하다는 행정소송을 냈다. 재개발할 때 함께 지은 임대아파트에 대한 취득세를 조합이 부담했기 때문이다. 조합 관계자는 “임대주택 건설 의무를 공공에서 조합에 떠넘기더니 세금까지 내라고 해 황당하다”며 “취득할 목적 없이 억지로 지은 건물에 대해 취득세를 내라는 건 어불성설”이라고 말했다.

통상 재개발 사업을 진행할 때는 전체 가구수의 15~20% 안팎 임대아파트를 함께 지어야 한다. 준공 뒤엔 지방자치단체에 토지비와 건축비를 받고 매각해 조합 사업비에 보태는 방식이다.

과거엔 이 같은 문제가 없었다. 하지만 ‘지방세특례제한법’이 개정되면서 문제가 불거졌다. 2016년부터 시행된 개정안에선 재개발사업과 도시환경정비사업을 할 때 관리처분계획에 따라 조합이 취득하는 부동산에 대한 세금 경감률이 종전 100%에서 85%로 줄었다. 지난해엔 다시 75%로 하향됐다. 조합으로선 줄어든 비율만큼의 세금을 내야 하는 셈이다. 다만 개정안은 체비지나 보류지로 관리처분인가를 받은 부동산에 대해선 내년 말까지 취득세를 면제하기로 단서를 달았다.

갈등은 이 체비지의 요건에서 발생했다. 체비지란 재개발에 필요한 비용을 충당하기 위해 원소유자에게 환지하지 않고 남겨뒀다가 판매하는 땅이나 건물을 말한다. 주로 조합원을 제외한 일반에 분양하는 주택과 상가 등이 포함된다. 대부분의 조합은 임대아파트를 관리처분계획상 체비지가 아니라 임대주택으로만 기재한 경우가 많다. 그동안은 따로 체비지로 분류하지 않더라도 과세되지 않았기 때문이다.

정비업계에 따르면 2016년 이후 준공된 재개발 단지의 경우 대부분 조합이 과세 대상이다. 임대아파트를 체비지로 인가받은 사례가 거의 없기 때문이다. 돈의문1구역조합 관계자는 “27억원가량의 취득세가 고지돼 일단 납부한 뒤 소송을 진행하고 있다”고 설명했다. 북아현1-3구역조합도 2016년 12월 준공된 까닭에 임대아파트 326가구에 대한 취득세 3억원가량을 고스란히 냈다. 장위2구역(‘꿈의숲코오롱하늘채’)과 보문3구역(‘보문파크뷰자이’) 등 최근 준공된 강북 주요 재개발 단지 조합들도 같은 내용으로 2억원 안팎의 취득세를 냈다.

정비업계는 앞으로 준공되는 단지들도 대부분 같은 문제에 직면할 것으로 보고 있다. 한 정비업계 관계자는 “그동안 재개발 조합에 대한 취득세가 면제됐기 때문에 이를 제외하고 처분 계획을 수립하는 경우가 많았다”며 “앞으로는 과세 대상이라는 점을 유념하고 사전에 취득세를 반영해 계획을 수립해야 한다”고 말했다.

전형진 기자 withmold@hankyung.com