특허 등 독점 기술력을 보유한 회사들은 특수관계 회사와의 거래 규모가 일감 몰아주기 기준을 초과하더라도 증여세가 면제될 가능성이 커졌다.

기획재정부는 7일 이 같은 내용의 세법 시행령 개정안을 입법 예고했다. 현행 상속·증여세법은 대기업 총수일가 등이 지분을 보유한 특수관계법인의 해당 대기업 관련 매출액이 정상거래비율(대기업 30%, 중견기업 40%, 중소기업 50%)을 넘으면 지배주주에게 증여세를 매기도록 한다.

하지만 특수관계법인이 특허와 같은 독점 기술을 보유해 어쩔 수 없이 거래하는 경우에도 예외 없이 증여세가 부과돼 기업들이 반발해왔다. 기재부는 앞으로 다른 대안이 없어 특수관계법인과 불가피하게 부품·소재를 거래한 회사의 매출액은 일감몰아주기 과세 대상에서 제외하기로 했다.

다만 기재부는 개정안을 마련하면서 관련 부처인 공정거래위원회와 협의를 거치지 않은 것으로 전해졌다. 공정위 관계자는 “입법 예고기간에 기재부와 협의하겠다”고 말했다.

대기업 공익법인과 관련한 규제는 강화한다. 공시대상기업집단(자산 총액 5조원 이상) 소속 공익법인이 출연받은 재산을 매각해 계열사 주식을 취득하는 데 사용했다면 공익목적사업에 사용했다고 인정받을 수 없어 증여세를 내야 한다.

또 연구개발(R&D) 세액공제 대상에 블록체인, 미세먼지 저감기술, 웨어러블 로봇, 전기차용 초고속·고효율 무선충전 시스템, 양자 컴퓨터 등 16개 기술이 추가된다. 해당 기술 R&D에 들어간 비용은 중소기업은 30~40%, 대·중견기업은 20~30%의 세액공제율이 적용된다.

이태훈 기자 beje@hankyung.com