학교법인과 종교단체 등 비영리법인도 행정안전부의 토지 분리과세 대상 축소 방침에 따라 세금 부담이 늘어나게 된다.

행안부는 최근 입법 예고한 ‘지방세법 시행령 일부개정안’에서 비영리사업자가 1995년 12월 31일 이전부터 소유하고 있는 토지를 분리과세 적용 대상에서 뺐다. 다만 학교부지로 쓰고 있는 땅과 전통사찰 보존지, 향교재산 토지 가운데 수익사업 용도로 사용하지 않는 토지에 대해선 계속 분리과세 혜택을 주기로 했다.

행안부 관계자는 “학교나 종교단체가 건립한 상업용 빌딩 등 수익사업을 위해 쓰는 토지에 대한 세제 혜택만 없앤 것”이라며 “비영리단체라는 이유로 상가건물에 세제 혜택을 주는 건 일반인이 건립한 상가와의 형평성에 맞지 않다고 본 것”이라고 설명했다. 시장에서는 대학 등 학교법인과 종교단체가 건립한 오피스 빌딩과 상업시설이 많은 만큼 전체적으로 수백억원대 세금을 추가로 물게 될 것으로 내다봤다.

농협의 세부담도 늘어난다. 농협이 운영하는 하나로마트 중 유통산업발전법에서 규정한 대규모 점포(3000㎡)에 적용해온 분리과세 혜택이 사라지기 때문이다. 10여 개 점포가 여기에 해당하는 것으로 알려졌다. 당초 행안부는 규모에 관계없이 하나로마트 모든 점포의 분리과세 혜택을 없앨 계획이었지만 농협의 세부담이 너무 커진다는 농림축산식품부의 의견을 반영해 대형 점포로 한정한 것으로 알려졌다.

행안부 관계자는 “대형 하나로마트 점포는 농산물뿐 아니라 다양한 공산품을 함께 판매한다는 점에서 이마트 홈플러스 등 민간 대형마트와 별다른 차이점이 없다”며 “민간업체와의 형평성을 고려해 세제 혜택을 없앤 것”이라고 설명했다.

오상헌 기자 ohyeah@hankyung.com