지난해 국세청은 ‘종합부동산세 환급 대란’으로 곤욕을 치렀다. 2015년분 종부세 일부가 재산세와 중복 징수된 만큼 더 거둔 세금을 돌려주라는 대법원 판결이 나왔지만 국세청이 납세자에게 이를 제대로 알리지 않았다가 여론의 뭇매를 맞았다. 국세청은 “더 낸 세금은 납세자가 알아서 찾아가야지 국세청이 개별적으로 알릴 의무는 없다”고 했다가 비난 여론이 거세지자 작년 말 개별 통지를 했다.

종부세 환급 대란은 앞으로도 계속될 가능성이 높다. 법원이 2016년 이후 부과된 종부세에 대해서도 “중복 징수됐다”고 판결했기 때문이다. 기획재정부는 2015년 대법원 판결 이후에도 기존 방식대로 계속 종부세를 부과할 수 있도록 시행령을 명확하게 고쳤다. 하지만 서울고등법원은 작년 4월 에쓰오일이 서울 마포세무서를 상대로 낸 종부세 부과처분 취소 소송에서 “시행령 개정과 무관하게 이중과세됐다”며 또다시 납세자의 손을 들어줬다.

종부세 과세표준은 공시가격을 합산한 금액에서 일정 금액(1주택자 9억원, 2주택자 이상 6억원 등)을 뺀 초과분에 대해 공정시장가액비율을 곱한 수치다. 이후 종부세율을 곱해 나오는 종부세액에서 미리 낸 재산세를 빼주는 구조로 돼 있다. 하나의 과세 대상을 놓고 종부세와 재산세를 두 번 물리는 만큼 중복과세를 피하기 위해서다.

예컨대 1주택자가 보유한 공시가격 10억원짜리 아파트에 대해선 종부세 과세기준 9억원을 초과하는 1억원에 공정시장가액비율인 90%(올해 기준)를 곱한 9000만원을 과세표준으로 보고 재산세액 공제금액을 산정한다.

하지만 법원은 재산세액 공제금액을 정할 때 공시가격의 90%가 아니라 100%를 반영한 금액으로 산출해야 한다고 판단했다. 그래야 공시가격을 기준으로 산정된 재산세 납부액을 전부 공제할 수 있다는 것이다. 이렇게 계산하면 과세표준은 1억원이 되고 공제액은 증가한다.

기재부는 여전히 “우리 계산법이 맞다”며 대법원 판결(2016년 이후분)이 날 때까지 기다리고 있다. 정부는 공정시장가액비율을 매년 5%포인트 올려 2022년에는 공시가격의 100%로 만들기로 했다. 공시가격과 공정시장가액비율의 차이에서 발생한 이중과세 문제는 2022년이 되면 자연스럽게 해결된다. 그때까지 이중과세를 둘러싼 혼란은 지속될 전망이다.

이태훈 기자 beje@hankyung.com