[2020 세법] 기업 모든 투자에 세액공제…경기 활력 되살릴까

정부가 기업들의 투자 확대를 위해 통합투자세액공제 제도를 신설한다. 신기술과 연구개발(R&D) 투자에 따른 혜택은 더 큰 폭으로 확대한다. 해외 시설을 국내로 옮기는 유턴 기업에 대한 세제혜택도 늘리기로 했다.

정부는 신종 코로나바이러스 감염증(코로나19)으로 인한 기업의 피해 극복을 돕고, 포스트 코로나 시대를 선도하기 위해 이같은 세제개편을 한다는 입장이지만 위기에 빠진 기업의 활력을 되살리기엔 부족하다는 지적도 나온다.

모든 투자에 대해 세금 감면하겠다

기획재정부는 22일 발표한 ‘2020년 세법 개정안’에서 "현행 9개 특정시설 투자세액공제 등을 통합·재설계해 통합투자세액공제를 신설한다"고 밝혔다. 기존에는 연구개발(R&D) 설비, 생산성 향상 시설, 안전 설비, 에너지절약 시설, 환경보전 시설, 5G 이동통신 시설, 의약품 품질관리 시설, 신성장기술 사업화 시설, 근로자 복지증진 시설 등 일부 투자에 대해서만 세제혜택을 줬지만 이를 기업의 모든 투자로 확대한다는 것이 골자다.

통합투자세액공제의 기본 공제율은 기업 규모 별로 1~10%로 정했다. 대기업은 투자액의 1%, 중견기업은 3%, 중소기업은 10%를 소득세 또는 법인세 납부시 돌려받을 수 있게 된다. 기재부는 기업의 투자 확대를 유도하기 위해 당해 연도 투자액이 직전 3년 평균 투자액을 넘을 경우 차액의 3%를 기본 공제액의 200% 한도 내에서 추가로 공제해주기로 했다.

정부는 투자세액공제를 모든 투자로 넓혔다는 점에서 의의를 찾고 있지만 일부 투자 항목의 경우 제도 개편으로 기본 공제율이 떨어지는 경우도 있어 논란이 되고 있다.

신성장기술 사업화 시설투자 기본 공제율은 5~10%에서 3~12%로 조정됐다. 중소기업은 10%에서 12%로 올랐지만 대기업은 5%에서 3%로, 중견기업은 7%에서 5%로 각각 낮아졌다. 이에 대해 기재부는 "세액 공제를 받을 수 있는 요건을 대폭 완화해 대기업 혜택은 오히려 늘어날 것"이라고 설명했다. 전체 R&D비용이 매출액의 2% 이상, 전체 R&D비용 중 신성장·원천기술 R&D비용이 10% 이상, 상시근로자 수 유지 등의 조건을 폐지해 세액공제 대상이 되는 대기업이 오히려 많아질 것이란 해명이다. 기존 12개 분야 223개 기술에 한정돼있는 투자 대상도 디지털 및 그린 뉴딜 추진에 따라 확대한다는 계획이다.

통합투자세액공제 도입으로 세수는 5500억원 감소될 것으로 예상됐다. 그만큼 기업의 혜택이 늘어난다는 의미라고 기재부는 설명하고 있다. 하지만 내년은 코로나19로 인해 기업이 투자를 늘리기 어려운 상황이라 추가공제율을 적용받는 기업은 별로 나오지 못할 것이란 지적도 나온다.

정부는 이같은 점을 고려해 세액공제의 이월공제기간을 확대하는 방안도 마련했다고 설명했다. 현재 결손 등으로 납부세액이 없는 경우 공제받지 못한 세액공제를 5년간 이월해 공제하는 데 이 기간을 10년으로 늘리겠다는 내용이 이번 세법 개정안에 담겼다.

법인세 인하 등 실효 대책 부족해

해외진출기업의 국내복귀를 유도하기 위한 '유턴기업' 세제지원도 강화한다. 혜택을 받기 위해 충족해야하는 요건을 완화하는 방식이다. 기존에는 국내복귀 기업이 국내사업장을 신설해야만 5년간 소득세와 법인세를 100% 감면하는 등의 혜택을줬지만 기존 사업장을 증설하는 방식의 복귀도 인정키로 했다. 국내 복귀시 해외 사업장의 생산량을 50% 이상 감축해야한다는 요건도 폐지했다.

정부는 이같은 유턴기업 지원을 통해 포스트 코로나 시대의 글로벌 공급망 변화에 대응한다는 계획이지만 산업계에선 이같은 세제 혜택만으로는 유턴하는 기업이 나오기 어려울 것이란 부정적인 전망을 내놓고 있다. 근본적인 근로자 임금 격차에 대한 고려가 없으면 돌아오는 기업이 나오기 어려울 것이라는 이유에서다. 소득세 감면 대상이 되는 외국인 기술자에 대한 요건도 '이공계 학사 학위 보유', '5년 이상 R&D 경력' 등을 추가해 인력을 구하기 더 어려워졌다는 지적도 나온다.

이번 세법개정안에는 경영단체 등이 요구한 법인세율 인하 등은 반영되지 않았다. 법인세 최고세율은 지난 2018년부터 22%에서 25%(과표 3000억원 초과)로 올랐다. 산업계에서는 코로나19로 인한 경영난 등을 고려해 올들어 지속적으로 법인세율 인하를 요구했지만 받아들여지지 않았다.

지방이전 기업에 대한 세액감면 혜택도 줄어들 전망이다. 현재 정부의 균형발전 정책에 따라 공장 또는 본사를 지방으로 이전한 기업에게 소득세와 법인세를 7년간 100% 추가 3년간 50% 감면하는 제도가 시행되고 있는데 감면을 받을 수 있는 조건을 강화하겠다는 내용이 세법개정안에 담겼다. 감면 기간내 해당 지방 투자누계액의 50%에 해당 지방 근무 상시근로자 1인당 1500만원을 감면 한도로 정했다. 투자와 고용을 더 하지 않으면 세금 감면을 하지 않겠다는 것이다.

문제는 이 제도가 소급 적용된다는 점이다. 기재부는 "감면한도 신설의 실효성을 감안해 2021년도 소득분부터 적용한다"고 밝혔다. 정부 시책에 따라 이미 이전한 기업들 사이에선 "혜택을 주겠다는 정부의 말을 믿고 갔는데 이제와서 요건을 강화해 당황스럽다"는 반응이 나온다.

강진규 기자 josep@hankyung.com