정부가 부부 공동명의 임대주택 한 채에 대한 장기보유특별공제 등 양도소득세 특례 적용 여부와 관련해 “적용이 가능하다”고 유권해석을 내렸다. 과세 관청인 국세청이 부부 공동명의인 경우 ‘각자 0.5채를 가진 것이라 기준에 미달한다’며 양도세 특례 혜택을 받을 수 없다고 통보한 것을 세제 담당 부처인 기획재정부가 뒤집은 것이다.

4일 관계부처에 따르면 기재부는 부부 공동명의로 등록한 임대주택도 8년 이상 임대 시 조세특례제한법(조특법)상 양도세 과세특례 적용이 가능한지 질의한 민원인에게 지난 3일 ‘가능하다’고 회신했다.

조특법에 따르면 공공지원민간임대주택·장기일반민간임대주택을 8년·10년 이상 임대사업자로 등록하고, 임대료 증가율을 연 5% 이하로 유지하는 등 조건을 충족하면 매도 시 양도세의 50%·70%를 감면하는 장기보유특별공제를 적용한다고 규정하고 있다.

앞서 지난 5월 이 민원인은 국세청으로부터 “공동 임대사업자라면 지분 비율에 따라 주택 수를 계산해 ‘1호 이상’에 해당하는 경우에만 장특공제를 적용받을 수 있다”고 통보받았다. 부부 공동명의는 한 채 이상에 해당하지 않아 공제가 적용되지 않는다는 것이었다. 이 민원인은 기재부에 재검토를 요청했고, 넉 달 만에 공제가 적용된다는 유권해석을 받았다.

기재부는 이번 해석은 모든 공동명의 임대주택에 해당한다고 설명했다. 부모와 자녀, 형제간 등 모든 공동 임대사업자는 같은 혜택을 받을 수 있다. 만약 세금을 더 많이 낸 경우에는 조세심판, 국세청 경정청구, 행정소송 절차를 통해 구제받을 수 있다. 내년 5월 종합소득세를 확정 신고할 때 세액을 재신고해도 초과 납부 세금을 돌려받을 수 있다.

강진규 기자 josep@hankyung.com