법인이 갖고 있는 상장주식을 매매해 해당 상장주식의 최대주주 지분율이 1% 이상 변동할 경우 이 매매로부터 발생한 양도소득에 대해 법인세가 할증 과세된다. 과도하게 낸 세금을 돌려줄 때 가산하는 환급금 이자율은 시중금리 추이를 반영해 연 1.2%로 낮아졌다.

9일 기획재정부는 이 같은 내용을 담은 2020년 개정세법 후속 시행규칙 개정안을 발표했다.

우선 법인세법 시행규칙에는 상장주식의 시가 산정 방법이 담겼다. 장중 또는 시간외 경쟁대량매매, 대량매매, 바스켓매매 등으로 거래할 경우엔 거래일 종가가 상장주식의 시가로 여겨진다.

최대주주가 바뀌는 경우, 최대주주의 지분율이 1% 이상 변동하는 경우는 ‘경영권 이전을 수반하는 거래’로 보고 해당 주식 매각에 따른 양도소득에 부과하는 법인세를 20% 할증하기로 했다. 기재부 관계자는 “자본시장법과 소득세법, 상속세 및 증여세법 등에서 규정한 할증 조항 등을 고려해 기준을 마련했다”고 설명했다.

국세와 관세를 환급받을 때 적용되는 이자율은 연 1.8%에서 1.2%로 낮아졌다. 낮아진 시중금리를 반영한 조치다. 이에 따라 더 낸 세금을 나중에 돌려받는 금액이 이자율 인하분만큼 줄어들 전망이다.

임대보증금을 받을 경우 간주 임대료를 계산할 때 사용하는 이자율도 1.2%로 같이 낮아졌다. 이로써 임대사업자 등은 소득세와 부가가치세 등을 신고할 때 세금을 기존보다 적게 낼 수 있다.

시장조성자의 주식 양도에 대한 증권거래세 면제 대상은 대폭 축소했다. 시가총액 1조원 이상이거나 유가증권시장·코스닥시장별로 회전율이 상위 50% 이상인 종목은 증권거래세를 부과한다. 시가총액 1조원 이상인 종목은 유가증권시장에선 삼성전자, SK하이닉스 등 170개, 코스닥에선 셀트리온헬스 등 47개다.

통합투자세액공제 중 일반 투자보다 높은 기본공제율을 적용받는 신성장기술 사업화시설 항목에 시스템반도체, 이산화탄소 저감, 태양전지 관련 시설이 추가됐다. 건물과 차량 등은 통합투자세액공제 적용을 배제하는 것이 원칙이지만 건설업의 건설기계장비, 관광숙박업의 숙박시설 등은 필수 자산으로 보고 투자 시 공제해주는 내용도 조세특례제한법 시행규칙에 담겼다.

소득세법 시행규칙 개정으로 여가·관광서비스 종사원, 텔레마케터, 가사 관련 단순 노무직도 야간 근로소득을 비과세 처리한다. 승무원의 휴대품 면세 기준은 상향했다.

강진규 기자 josep@hankyung.com