개인종합자산관리계좌(ISA)로 국내 주식과 주식형 펀드에 투자해 발생한 수익은 2023년 이후에도 세금이 면제된다. 내년부터 개인투자자가 국채에 투자하면 이자소득에 대해 9% 분리과세가 적용된다.

기획재정부는 26일 이 같은 내용의 조세특례제한법 개정안을 포함해 16개 세법 개정안을 확정, 국회에 제출했다. ISA는 하나의 계좌로 예금·주식·펀드 등 각종 투자를 할 수 있는 만능상품으로, 1년간 2000만원씩 5년간 납입할 수 있다.

ISA 비과세 혜택은 2023년부터 금융투자소득세가 도입되는 데 따른 후속 대책이다. 직접 투자자는 연 5000만원 이상 금융투자소득의 20%를 세금으로 내야 하지만 ISA 투자자에겐 이 같은 세금을 물리지 않겠다는 것이 정부 계획이다.

개인 투자용 국채를 만기(10년, 20년)까지 보유한 투자자에게는 이자소득 분리과세가 적용된다. 국채 투자자는 가산금리가 적용된 이자를 지급받는 데 더해 세제 혜택까지 누리게 된다.

반도체와 배터리, 백신 부문의 65개 분야는 국가전략기술로 지정해 연구개발 최대 50%, 시설투자 최대 20%의 세액공제를 적용하기로 했다. 정부가 기업 투자와 관련해 세액공제 구간을 신설한 것은 11년 만이다.

정부는 이번 세법 개정안이 그대로 시행되면 5년간 세수가 1조5050억원 줄어들 것으로 내다봤다. 법인세 감소가 1조3064억원, 소득세 감소가 3318억원 등이다. 세법 개정을 통해 세수가 줄어드는 것은 2018년 이후 4년 만이다.

홍남기 부총리 겸 기재부 장관은 “세수효과의 대부분은 반도체 등 국가전략기술 투자에 대한 세액공제 및 저소득층 소득지원을 위한 근로장려세제 확대 등에 따른 것”이라며 “한국 경제의 회복력과 성장동력 강화를 위해 꼭 필요한 분야”라고 말했다.

노경목 기자 autonomy@hankyung.com