주택조합이 사업자등록을 하지 않으면 미분양 주택도 종합부동산세 과세 대상에 포함된다는 법원 판단이 나왔다.

26일 법조계에 따르면 서울행정법원 행정2부(부장판사 신명희)는 A자산신탁이 삼성세무서를 상대로 낸 종합부동산세 등 부과 처분 취소소송에서 원고 패소로 판결했다.

A자산신탁은 2019년 4월 지방의 한 아파트 주택조합과 미분양 아파트 54가구에 대해 부동산담보 신탁계약을 맺었다. 이후 2020년 종합부동산세 과세기준일이던 6월 1일까지 23가구가 미분양 상태로 남아 있었다. 이에 삼성세무서는 A자산신탁에 종부세 2519만원과 농어촌특별세 503만원을 부과했다.

이는 개정 전 종부세법에 따른 것이다. 이 법에 따르면 사업자등록을 한 위탁자(이 경우 주택조합)가 소유한 미분양 주택은 종부세 과세표준 합산에서 제외된다. 그러나 이 사건 주택조합은 국세기본법에 따라 ‘법인으로 보는 단체’로 승인받고 고유번호는 부여받았지만, 법인세법이나 소득세법상 ‘사업자등록’은 하지 않은 상태였다. 세무서 측은 주택조합이 사업자등록을 하지 않았기 때문에 과세표준 합산에 미분양 주택을 포함해야 한다고 본 것이다.

A자산신탁은 불복해 행정소송을 제기했다. A자산신탁 측은 “사건 주택은 국민주택규모의 주택으로 부가가치세가 면제되는 재화에 해당하기 때문에 사업자등록 의무가 없다”며 “대신 ‘법인으로 보는 단체’로 승인받고 고유번호를 부여받았는데, 이는 사업자등록번호에 준하는 것”이라고 반박했다.

그러나 재판부는 이를 받아들이지 않았다. 재판부는 “부가가치세법은 사업자등록을 한 자와 고유번호를 부여받은 자 간에 권리와 의무를 달리 부여하고 있다”며 “고유번호만 부여받은 사업자를 사업자등록을 한 자와 성질상 동일하다고 평가할 수 없다”고 판단했다.

그러면서 “만일 지역주택조합이 법인세법이나 소득세법상 소득의 귀속 주체가 되는데도 고유번호만 유지한 채 사업자등록을 하지 않는다면 조세 탈루의 우려가 있다”고 지적했다.

오현아 기자 5hyun@hankyung.com