거주 주택을 팔고 다른 주택을 취득하는 과정에서 일시적으로 3주택이 된 소유자에게 양도소득세 중과세율을 적용한 것은 위법이라는 법원의 판결이 나왔다.

12일 법원에 따르면 서울행정법원 행정2부(부장판사 신명희)는 A씨의 유족이 마포세무서를 상대로 “양도소득세 8억1000만원을 부과한 처분을 취소해달라”며 낸 소송에서 최근 원고 승소 판결을 내렸다.

A씨는 1985년 서울 마포구 2층 주택을 취득해 2018년 4월 22억4000만원에 팔았다. A씨는 이를 고가주택의 양도라고 보고 9억원을 넘는 차익에 대해 양도소득세 6470만원을 냈다. A씨가 해당 주택에서 약 32년간 거주한 점이 인정돼 주택 보유 기간에 비례해 세금을 낮춰주는 장기보유특별공제가 적용됐다.

A씨는 같은 달 양도 대금으로 서울 마포구의 한 아파트를 취득해 이사했다. A씨의 배우자 B씨는 비슷한 시기 광명시의 한 아파트를 취득해 장기임대주택으로 등록해 소유하고 있었다.

마포세무서는 A씨가 양도 당시 1가구 3주택자라고 판단했다. 2021년 6월 세무당국은 장기보유특별공제를 배제하고 옛 소득세법에 따른 중과세율을 적용해 A씨에게 “양도소득세 8억1398만원을 내야 한다”고 고지했다.

A씨 측은 처분에 불복했다. A씨는 “일시적으로 3주택을 보유했을 뿐 투기의 목적이 없었다”며 이의신청을 거쳐 조세심판원에 심판을 청구했지만 기각당했다. 작년 A씨가 사망한 이후 법정상속인인 B씨와 자녀들이 소송을 제기했다.

법원은 유족 측 주장을 받아들였다. 재판부는 “3주택을 보유한 기간은 23일에 불과하고 그마저도 대체주택을 취득하는 과정 중에 발생한 것”이라며 “양도 당일 대체주택으로 전입한 것으로 보아 투기 목적이 있다고 보기 어렵다”고 판단했다.

박시온 기자 ushire908@hankyung.com