중소기업 특별세액감면 제도는 정책 효과가 작다는 지적에도 30년 넘게 명맥을 유지하고 있는 ‘대마불사(大馬不死) 조세특례’ 중 하나로 꼽힌다. 1992년 한시 도입 당시만 해도 감면 적용 대상은 중소 제조업뿐이었다. 경영난을 겪는 중소 제조업을 지원하기 위해 ‘임시특별세액감면’이라는 이름으로 처음 도입됐다.

하지만 이후 제조업을 넘어 농업, 광업, 건설업, 정보통신업 등으로 대상이 확대됐다. 지난해 기준으로 수혜 대상 업종은 48개에 달한다. 이들 업종 중소기업은 조세특례제한법에 따라 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세나 법인세의 5~30%를 감면받는다. 회사 규모와 업종, 소재지 등에 따라 감면율이 다르다. 당초 이 제도는 작년 12월 종료될 예정이었다. 하지만 지난해 세제개편을 통해 2025년 말까지 3년 추가 연장됐다. 지난해 한국조세재정연구원은 이 제도의 일몰 연장 필요성이 크지 않다는 내용의 연구용역 보고서를 기획재정부에 제출했다. 하지만 정부는 코로나19 등을 고려해 일몰을 재연장했다. 국회예산정책처에 따르면 중소기업 특별세액감면 규모는 올해 2조5215억원에 달할 것으로 전망된다.

정부가 중소기업이라는 이유로 세금을 깎아주고 있지만 이들 기업은 재무지표나 고용 창출 측면에서 이렇다 할 성과를 못 내고 있는 것으로 분석됐다. 조세연은 지난해 보고서에서 “중소기업 특별세액감면제도를 이용하는 법인 사업자와 개인 사업자 모두 매출, 영업이익률 등에서 통계적으로 유의미한 양(+)의 효과를 찾아볼 수 없었다”며 “기업 규모에 따라 수혜 기업의 근로자 수가 최대 3% 감소하는 결과도 나타났다”고 지적했다. 중소기업들은 “특별세액감면 제도 연장을 멈춰야 한다”는 지적이 나올 때마다 거세게 반발하고 있다. 한시적으로 도입된 특례제도가 연장에 연장을 거듭하며 사실상 중소기업의 ‘권리’가 된 셈이다. 오문성 한국조세정책학회장은 “중소기업의 반발로 정부는 한 번 제공한 세제 혜택을 잘 없애지 못한다”며 “비과세나 세금 감면 문제는 정책의 효과성을 그때그때 분석하고 효과가 없는 것은 중단해야 한다”고 말했다.

중소기업 특별세액감면 제도 외에도 일몰이 다가왔지만 정부 판단에 따라 연장되는 조세지출(비과세·감면) 항목이 많다. 기재부가 지난 27일 발표한 ‘2023년도 세법개정안’에는 올해 말 일몰이 도래하는 조세지출 항목 71개 중 65개(91.5%)를 연장하는 방안이 담겼다. 기존 계획대로 올해 말 종료되는 제도는 6개(8.5%)뿐이다.

이번에 연장된 65개 항목의 올해 감면액은 추정이 어려운 항목을 제외해도 13조6000억원에 달한다. 이는 올해 전체 조세감면액 69조3000억원(2023년도 조세지출예산서 기준)의 20%에 해당하는 규모다.

허세민 기자 semin@hankyung.com