정부가 국가전략기술 등 연구개발(R&D) 비용의 세액공제 및 통합투자세액공제 일몰 기한을 2027년까지 연장한다. 기업에 대한 적극적인 세제 지원을 통해 투자와 고용 증가를 유도하겠다는 계획이다.
국가전략기술 R&D 세액공제 3년 연장…시설 임차료 포함
기획재정부는 25일 세제발전심의위원회를 열고 이 같은 내용을 담은 ‘2024년 세법 개정안’을 확정했다. 정부는 조세특례제한법을 개정해 연말 종료되는 국가전략기술 R&D 비용 및 투자세액공제를 2027년 말까지 3년 연장한다. 국가전략기술로 지정된 반도체, 2차전지, 백신, 디스플레이, 수소 등 기술에 대한 시설투자는 15%(중소기업 25%), R&D 투자는 30~50%의 세액공제를 받을 수 있다. 정부는 기업 투자를 끌어내기 위해 통합투자세액공제 증가분의 공제율은 국가전략기술과 신성장·원천기술에 관계없이 현행 3~4%에서 10%로 상향할 방침이다.

R&D 세액공제 적용 대상도 확대한다. 시설 임차료 등의 비용도 국가전략기술 및 신성장·원천기술 R&D 공제 대상에 포함하기로 했다. R&D 투자를 촉진하기 위해 R&D에 사용하는 기계 장치의 감가상각 기간을 기존 5년에서 3년으로 단축한다. 감가상각 기간이 줄어들면 법인세 비용을 절감할 수 있다.

해운사에 적용되는 법인세 특례 제도인 ‘톤세제도’를 5년 연장하는 대신 국적선사가 직접 소유하지 않고 빌린 ‘용선 선박’의 세 부담은 높이기로 했다. 톤세제도는 선박의 순(純)t 수와 운항 일수를 바탕으로 추정이익을 산정해 해운 소득에 법인세를 매기는 제도다. 해운업계 업황이 좋을 때 해운사의 법인세 부담을 줄여 선박 건조 등에 재투자하도록 유도하는 것이 목적이다. 톤세제도를 연장한 것은 이번이 네 번째다. 국내에 2005년 5년 시한의 일몰제로 처음 도입한 뒤 2009년, 2014년, 2019년 연장했다.

기준선박(국적선사가 소유한 선박)은 t당 1운항일 이익을 현행과 같이 유지하되 용선은 30% 할증하기로 했다. t당 1운항일 이익이 클수록 과세표준이 높아지고 세 부담이 무거워진다.

이광식 기자 bumeran@hankyung.com