적자인 스타트업도 납부해야 하는 세금, 부가가치세 [긱스]

신정호 브릿지파트너스 대표회계사 기고문

1월 25일, 7월 25일이 무슨 날일까? 처음 사업을 시작하는 대표는 무슨 일자인가 고민을 하지만 몇 년간 사업을 영위한 대표는 무슨 날인지 알고 있다. 1월 25일, 7월 25일은 부가가치세 신고기한 및 납부기한이다. 사업을 영위하는 사업자라면 6개월 단위로 사업과 관련된 매출과 매입 등을 총괄적으로 신고하는 기한이라 생각하면 된다.

직접 또는 세무대리인을 통해서 부가가치세를 신고하고 납부서를 수령하면 의문을 생긴다. 세금은 이익이 발생하였을 때 납부하는 것으로 알고 있는데, 적자인 우리 기업은 왜 납부세액이 발생하지? 잘못 세금 신고를 한 것이 아닌지? 의문이 발생한다.

당기순손실이 발생하는 기업도 부가가치세는 납부할 수 있으며, 해당 혼동은 부가가치세법의 특징을 알지 못함으로써 발생하는 오류이다. 법인세의 경우 수익에서 비용을 차감한 금액이 흑자인 상태, 즉 이익이 발생한 경우 법인세를 납부하지만 부가가치세는 매출 관련 금액의 10%와 매입 관련 금액의 10%를 차감하여 납부세액을 산정하기 때문에 세금이 발생한다. 동일한 내용을 언급하는 것 같지만 결국 인건비 인식에 대한 차이로 상이한 결과가 나오는 것이다.

예를 들어 플랫폼을 운영하는 스타트업이 있으며, 매출액은 10억, 개발비는 4억, 기타비용은 2억, 내부직원 인건비가 7억인 경우 법인세와 부가가치세의 세액산정 구조는 하기와 같다.

<법인세 산정구조>

<부가가치세 산정구조>

법인세의 경우 매출액에서 관련된 비용 전부를 차감하므로 내부직원 인건비까지 차감한 금액이 (-)3억원으로 적자를 기록하여 납부세액이 없다. 반면에 부가가치세의 경우 사업자가 판매한 재화나 용역 금액의 10%를 세금으로 납부하고, 다른 사업자로부터 매입한 재화나 용역 금액의 10%를 환급받는 개념이다. 매출세액 1억(=10억 x 10%)에서 매입세액 0.6억(=6억 x 10%)을 차감한 금액 0.4억원을 납부해야 한다. 내부직원 인건비는 매입세액 항목이 아니므로 부가가치세 산정 시 고려되지 않는 것이다.

매출액 대비 인건비 비중이 높은 스타트업의 경우 법인세 납부세액은 없을 수 있지만, 인건비를
고려하지 않는 부가가치세의 경우 납부세액이 발생할 수 있다. 매 신고 시마다, 납부세액이 발생할 수 있는 부가가치세 무엇을 주의해야 할까?

<세금계산서 발행 및 수령>
부가가치세 신고를 위한 준비 사항은 세금계산서 확인이다. 1월부터 6월까지, 7월부터 12월까지 발행된 세금계산서를 바탕으로 매출세액, 매입세액을 산정한다. 집계된 매출세액에서 매입세액을 차감하면 납부세액이 결정된다. 이를 위해서는 매출 거래 발생 시 거래 상대방에게 매출금액만큼 세금계산서를 발행해 주어야 한다. 반대로 사업을 위해서 재화나 용역을 매입하는 경우 거래 상대방으로부터 세금계산서를 수령해야 한다. 매입처로부터 세금계산서를 수령하지 않는다면 매입세액공제를 받기 어려운 상황이 발생한다.

특히 사업 초기 스타트업의 경우 매출액은 거의 없으나 플랫폼 제작, 특허권 취득, 광고비 지출 등으로 매입이 많아 부가가치세 환급이 예상된다. 부가가치세 환급을 받기 위해서는 거래 상대방으로부터 매입세금계산서를 수령해야 할 것이다.

세금계산서를 발행 및 수령한다고 하더라도 필요적 기재사항이 기재되지 아니하거나 사실과 다를 때에는 불이익이 존재한다. 필요적 기재사항이란 ①공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭 ②공급받는 자의 등록번호 ③공급가액과 부가가치세액 ④작성연월일을 말한다. 필요적 기재사항이 세금계산서에 반영되지 않는다면 공급자에게는 세금계산서 불성실 가산세가 적용되고, 공급받는 자는 매입세액이 공제되지 않을 수 있는 바, 주의가 필요하다.

매출 관련 세금계산서, 매입 관련 세금계산서는 일반적으로 홈택스를 통해 전자세금계산서로
발행된다. 전자세금계산서로 발행된 세금계산서는 홈택스에서 조회가 가능한 바, 부가가치세 신고 시에 손쉽게 확인이 가능하다. 다만, 전자세금계산서로 발행하지 아니한 종이 세금계산서는 별도로 관리, 취합이 필요할 것이다. 따라서 세금계산서는 전자세금계산서로 발행 및 수령을 추천하며, 부득이하게 종이 세금계산서로 발행 및 수령한 부분이 있다면 부가가치세 신고 시 누락되지 않도록 주의가 필요할 것이다.

<결제대행업체 매출 존재하는 경우>
일반적인 제조업체, 도소매 업체의 경우 매출 발생 시 세금계산서를 발행한다. 이를 바탕으로
부가가치세를 신고하고 부가가치세 신고된 매출 내역을 바탕으로 회계상, 세무상 매출액을 인식한다. 스타트업의 경우도 동일한 논리가 적용되나 한 가지 더 고려 할 부분이 존재한다. 이는 결제대행업체를 통해 발생하는 매출이다.

결제대행업체는 계약에 근거하여 재화, 용역을 공급하는 자를 위하여 신용카드 등에 의한 거래를 대행하는 자를 말하며, 토스페이먼츠, KG이니시스, 페이플, 다날 등이 있다. 고객이 스타트업 플랫폼에서 카드 결제를 진행하면 스타트업에 등록된 결제대행업체에서 결제를 대행하고 결제 대금을 스타트업에게 정산해 주는 구조이다. 해당 결제대행업체의 결제가 발생한다면, 부가가치세 신고 시 주의가 필요하다.

부가가치세 신고를 위해서 국세청에서 자료를 조회하고 취합하여 준비한다. 국세청에서 조회한 자료 중에서는 회사가 발행한 세금계산서, 수령한 세금계산서가 있으며, 결제대행업체가 국세청에 신고한 금액(결제대행업체가 회사에 정산한 금액) 등이 있다. 결제대행업체가 국세청에 신고한 금액은 매출세액의 신고 근거는 될 수 있으나 부가가치세법에 따른 매출세액과는 정확하게 일치하지 않는다. 결제대행업체가 국세청에 신고한 금액은 일반적으로 결제대행업체의 정산 기준에 따른 금액을 국세청에 신고한 사항으로 실제 스타트업이 내부 규정에 근거하여 인식해야 할 매출액과 상이한 것이다. 따라서 국세청에서 조회된 결제대행업체의 매출액 자료를 그대로 반영하여 부가가치세 신고를 수행한다면 매출세액 인식 시기의 차이가 발생할 수 있다. 매출세액을 정확하게 신고하기 위해서는 결제대행업체를 통해서 결제되는 금액을 스타트업 매출 인식 정책에 따라 별도로 관리되고 파악되어야 할 것이다.

또한 결제대행업체가 국세청에 신고한 금액은 카드매출, 현금매출, 기타매출 등이 혼합된 총액으로 신고된다. 국세청에 신고된 내용으로는 상세 확인 불가능하며 총액으로 신고된 금액에 근거하여 부가가치세를 신고하면 신고서식이 올바르게 신고된 서식과 상이한 결과를 가져올 수 있다. 정확한 신고를 위해서 결제대행업체의 결제금액을 카드매출, 현금매출, 기타매출 등으로 구분하여 관리해야 할 것이다.

세금계산서는 발행한 총합계 금액으로 매출을 인식한다. 부가가치세 신고 시 별도의 조정은 거의 없다. 다만, 결제대행업체를 통해서 인식한 매출은 조정이 필요한 경우가 많다. 위에서 언급한 매출액의 인식 시기 차이도 있지만, 스타트업 플랫폼에서 결제대행업체를 통해서 결제된 금액은 전부 스타트업의 매출액이 아닌 경우도 많기 때문이다.

예를 들어 스타트업은 플랫폼을 유지하고 별도의 판매자가 플랫폼 내부에서 사업을 영위하고 있다. 판매자의 용역을 고객이 이용할 경우 결제는 스타트업의 결제대행업체를 통해서 결제되고 전액 스타트업에게 지급된다. 이때 결제대행업체는 결제된 금액 전부를 스타트업의 결제대행 매출로 국세청에 신고한다. 해당 금액으로 스타트업이 부가가치세를 신고한다면, 판매자의 매출액을 포함하여 신고하기 때문에 잘못된 신고에 해당된다. 따라서 정확한 부가가치세 신고를 위해서는 스타트업의 매출에 해당하는 부분, 판매자의 매출에 해당하는 부분을 구분할 수 있어야 할 것이다.

<수출 매출이 발생하는 경우>
부가가치세는 매출금액의 10%를 매출세액으로 납부해야 하나, 수출하는 재화나 국외에 공급하는 용역(이하 ‘수출하는 재화등’)은 0% 세율(이하 ‘영세율’)을 적용하여 매출세액이 발생하지 않는다. 수출하는 재화 등이 많은 기업의 경우는 매출세액이 없으나 매입과 관련한 세액은 공제받을 수 있으므로 부가가치세의 환급이 발생한다. 이러한 혜택 적용을 위해서는 부가가치세법의 규정에서 열거하고 있는 재화의 수출, 용역의 국외공급, 외국항행용역, 외화획득 재화 또는 용역의 공급 등으로 영세율 적용대상에 해당하고 증빙서류를 구비하여 부가가치세를 신고해야 한다. 만약 부가가치세 신고 시, 영세율 관련 증빙서류를 제출하지 않는 경우 관련된 부분은 무신고로 보아 영세율 과세표준신고불성실가산세가 적용된다.

 증빙서류
 -재화의 수출: 수출실적명세서 (소포수령증), 수출계약서 또는 외화입금증 등
 -용역의 국외공급: 외화입금증명서, 국외 제공용역에 관한 계약서 등

추가적으로 국내 거래처럼 보이나 부가가치세 신고 시 영세율 거래로 추정하여 신고하는 거래가 있다. 해당 거래는 내국신용장 등에 의한 재화의 공급(이하 ‘내국신용장 거래’)이다. 내국신용장이란 수출업자가 수령한 수출신용장 등으로 국내에서 수출품 등을 제공하는 국내 공급자를 수익자로 하여 개설된 신용장을 말한다. 내국신용장 거래는 수출의 전단계 거래로서 실질적인 수출과 다를 바 없어 부가가치세법에서는 내국신용장 거래를 영세율 적용 대상인 수출 거래로 추정한다.

내국신용장 거래는 공급자가 공급받는 자에게 영세율 세금계산서를 발급하면 된다. (일반적인 수출 재화의 공급에서는 영세율 세금계산서를 발행하지 아니함) 여기서 주의해야 할 점은 내국신용장 등의 개설 시기와 재화의 공급시기가 상이할 경우 문제가 발생한다. 특히 내국신용장 등이 재화 공급 이후 사후 개설되는 경우이며, 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 25일이 경과되어 내국신용장이 개설되는 경우이다. 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 25일 경과전에 내국신용장이 개설되면 세금계산서 수정발급, 경정청구 등을 통해서 영세율을 적용할 수 있다. 반면에 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 25일이 경과되어 내국신용장이 개설되면 영세율 적용이 배제되며 10% 세율을 적용하여 부가가치세를 신고해야 한다.

<면세 매출이 발생하는 경우>
재화의 수출 또는 용역의 국외공급 시 영세율이 적용되어 매출세액이 없는 것과 유사하게 매출이 발생해도 매출세액 부담이 없는 경우도 있다. 이를 부가가치세의 면제라고 하며, 특정 재화 또는 용역의 공급에 대하여 부가가치세의 부담을 면제하는 것을 말한다. 면세 대상은 기초생활 필수품, 의료보건용역, 혈액, 도서, 신문, 토지, 인적용역, 금융 등이 대상이다. 면세 대상 거래로 인하여 매출이 발생한다면 부가가치세 부담이 없으므로 매출세액은 없고, 매입 관련 부가가치세만 발생하므로 환급 세액이 발생할 것으로 생각한다. 하지만 면세사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 부가가치세법 상 과세사업과 관련된 매입세액은 공제되고 면세사업과 관련된 매입세액은 공제되지 않기 때문이다.

면세사업 관련 매입세액은 공제가 되지 않기 때문에 과세사업과 면세사업을 동시에 영위하는
스타트업의 경우, 과세사업만 영위하는 스타트업보다 납부세액이 높을 수 있다. 예를 들어 과세사업만 영위하는 스타트업의 매출금액이 2억 원이고, 매입금액이 4억 원일 경우와 과세사업과 면세사업을 동시에 영위하는 스타트업의 매출금액이 2억 원(1억은 과세사업, 나머지 1억은 면세사업 매출)이고 매입금액이 4억 원일 경우를 비교하면 아래와 같다.

과세사업만 영위하는 스타트업의 경우 0.2억 원의 환급이 발생하지만, 과세사업과 면세사업을 동시에 영위하는 스타트업의 경우 0.1억 원의 환급이 발생한다. 즉 과세사업만 영위하는 스타트업의 환급 세액이 더 많이 발생하는 것이다. 이러한 사유가 발생하는 것은 공제받지 못하는 매입세액은 직접 관련된 금액으로 산정해야 하나 실무상 직접적으로 관련된 부분을 산정하기 어려운 바, 과세사업과 면세사업의 매출액 비율에 따라 매입세액을 공제하고 있지 않기 때문이다. 따라서 면세사업을 영위하는 스타트업 또는 면세사업을 진행 예정인 스타트업의 경우에는 과세사업과 면세사업을 구분하여 관리하여 최대한 높은 비율의 매입세액공제를 받아야 할 것이다.

□신정호 브릿지파트너스 대표회계사

△브릿지코드 파트너 CPA
△KB국민은행 중소기업컨설팅부
△삼정 KPMG
△한국금융연수원 기업가치평가 전문강사
△스타트업 재무실사 및 감사·M&A·CFO 자문