'조특법' 입법 실수…부동산펀드 3배 '세금폭탄' 맞을 뻔

등록세 중과 제외규정 누락돼
행안부 조만간 조특법 개정키로

부동산펀드,리츠 등 부동산 투자회사들이 정부의 입법 실수로 내지 않아도 될 세금을 물을 뻔 했다.

18일 부동산업계와 행정안전부 등에 따르면 지방세 분법으로 올해부터 등록세가 취득세로 통합됐지만 조세특례제한법(119조)에 따른 등록세 중과 제외 규정이 법률 개정 과정에서 누락돼 투자회사들이 부동산을 매입할 때 내는 등록세를 종전보다 3배나 더 물어야 하는 해프닝이 발생했다.

정부는 2009년 리츠 · 펀드 · 프로젝트금융회사(PFV)에 대한 취득 · 등록세 50% 감면조치를 2012년까지 연장하고 수도권과밀억제권역 내 소유권이전등기 때 등록세 중과(3배) 배제 조치도 2012년 말까지 적용하기로 했다. 하지만 올해부터 개정 시행된 조세특례제한법에선 특정 문구가 삭제됐고,그 대신 추가 반영됐어야 할 지방세법(120조)상 취득세 감면규정에서는 관련 조항이 빠져버렸다.

이에 따라 현행 조세특례제한법을 적용할 경우 이들 회사가 부동산을 매입할 때 취득 · 등록세 50% 감면은 가능하지만 수도권과밀억제권역 내 부동산 등기 시 내야 하는 등록세는 중과(3배)될 처지에 놓였다.

예를 들어 리츠나 펀드,PFV가 1000억원짜리 부동산을 매입할 경우 종전 규정대로라면 등록세 2%와 지방교육세 0.4%의 절반인 1.2%(12억원)만 내면 됐지만 중과 배제 규정이 삭제되는 바람에 3배인 36억원을 세금으로 내야 한다.

행안부는 등록세 중과배제 효력 유지가 필요하다고 보고 오는 2월 또는 4월 임시국회에서 곧바로 조세특례제한법을 개정키로 했다.

강황식 기자 hiskang@hankyung.com