행정법원 "국세청, 종부세 계산 잘못…더 걷었다"

2009년 이후 재산세 공제 제대로 안 해…大法서 확정 땐 더 걷은 세금 돌려줘야

서울행정법원은 2009년 이후 국세청이 종합부동산세를 법에서 규정한 것보다 더 거둬들였다고 판결했다. 대법원에서 최종 확정하면 국세청은 종부세를 다시 계산해 더 많이 걷은 금액을 납세자에게 되돌려줘야 한다.

국세청은 이번 판결을 받아들일 수 없다며 항소하겠다고 밝혀 논란이 예상된다.

서울행정법원 행정14부(부장판사 진창수)는 KT 한국전력 신세계 농협과 국민 · 신한 · 우리 · 산업 · 기업 · 한국씨티 · 광주 · 대구 · 경남은행,조선호텔 등 25개 기업이 각 관할지역 세무서장을 상대로 "종부세에 재산세가 이중 부과됐으니 그만큼 부과 처분을 취소해 달라"며 낸 행정소송에서 최근 원고 승소 판결을 내렸다고 21일 밝혔다.

행정법원은 국세청이 법을 잘못 해석해 종부세액을 산출할 때 공제해야 하는 재산세액을 적게 적용했다고 판결했다.

이 판결로 KT 36억여원，한전 28억여원，삼성테스코 15억여원 등 25개 기업이 180억원(농어촌특별세 포함)을 돌려받을 수 있게 됐다.

재판부는 "종부세법에 따르면 과세 대상 재산에 대해서는 재산세액만큼을 공제해 이중과세를 피해야 한다고 규정하고 있다"며 "하지만 종부세를 계산하는 구체적 방법을 명시한 종부세 시행규칙은 상위법과 달라 조세법률주의에 위반된다"고 설명했다.

종부세 시행규칙에 따르면 종부세 납세 대상자들은 종부세 기준금액을 초과하는 공시가격 부분에 공정시장가액 비율(80%)을 적용해 과세 표준액을 산출하고,여기에 재산세 공정시장가액 비율을 또다시 곱해 산출한 금액을 종부세액에서 공제한 뒤 납부하도록 돼 있다.

이에 대해 법원은 종부세 공정시장가액 비율을 재산세 공제액에 적용해 공제액을 줄인 것은 부당하다고 지적했다. 공정시장가액 비율은 세금을 부과하는 기준인 과세표준액을 산출할 때 사용하는 공시가격 비율이다.

이번 판결을 계기로 종부세를 돌려 달라는 경정 청구나 소송이 잇따를 것으로 보인다. 지난해 종부세 고지세액은 1조2000억원이었다.

심성미/서욱진 기자 smshim@hankyung.com